水体污染治理是水产养殖中最为头疼的难题之一。众所周知，用物理的方法(如打捞)虽可清除部分污染物，但对氨氮、亚硝酸盐等化学污染物以及禽畜粪便等的处理难以奏效。化学方法又易造成二次污染。近年来，能够“吃”污的微生物控制污染技术逐渐受到重视，并在污水处理等领域得到广泛应用。

微生物制剂对环境没有危害，同时还能促进生物链的形成。集约化高密度养殖所产生的鱼类排泄物以及未经处理的养殖废水和工业废水污染引起病害的面积在水产养殖中占总养殖面积的15％～20％，这些水体氨氮浓度升高，造成水体富营养化，反过来制约鱼类生产。为减少氨氮污染带来的危害，常用的加注新水、臭氧氧化等方法不仅有很大的局限性，脱氨效果并不理想，不能从根本上解决问题。因此，改善水产养殖水域环境已成为养殖业可持续发展的关键技术。

水产微生物制剂可迅速降解水体中的残存饲料、鱼类的粪便及其它有机物，特别是清除池塘水体底部，能有效避免固体有机物和有害物质的积累。这些藻类为主的浮游植物所产生的光合作用，又为池塘中的水产动物提供氧气，从而形成池塘良性的生态循环。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少疾病的发生。

目前国内有益微生物在水产的应用日益被重视，国内独立开发的主要是一些单一菌株，如光合细菌、芽孢杆菌、蛭弧菌等；复合制剂主要是仿制或引进国外的商品。