我们过去认为，多磷酸肌醇的合成反应是一个不被调节的过程。这是因为我们的注意力一直放在了磷酸肌醇二磷酸（PIP2）的分解产物甘油二酯(DAG）和三磷酸肌醇（IP3）上。

现在我们知道事情要远比这复杂得多，例如：小GTP酶-Rho调控的磷酸肌醇5-激酶PI5 K能导致PI (4)P向PI (4,5)P2转化；磷酸肌醇(PI）能在三个特定的位置被磷酸化。P13 K磷酸化PI及其衍生物PI (4)P和PI(4,5）P2，并使之分别生成PI ( 3）P、PI(3,4)P和PI(3,4,5）P3等产物。

PI (3,4,5)P3最初是在激活的人嗜中性粒细胞中被检测出来的。尽管它最初被认为是磷脂酶C ( PLC）的一个新底物和水溶性第二信使，但人们很快就发现这个脂质本身就是一个信号转导分子。在磷脂中，磷脂酰肌醇占很重要的位置，因为它的头部基团提供了大量的磷酸化形式。尽管肌醇脂是在对细菌的分析中检测出来的，并没有任何迹象说明它们中的任何一种产物有调节作用，但是我们知道一些细菌依靠宿主的肌酸代谢来调控它的侵入性。PI存在于所有的真核细胞中，而它的代谢在像酵母一样的单细胞生物中是局限的，因为它们缺少产生PI (4)P或PI (4,5)P2的工具。酵母P13 K（由VPS34编码）的作用底物特异性是对PI的适当抑制，因此它只能产生多磷酸化的PI(3)P的衍生物（这之后能被转化为PI (3, 5) Pz，这对高尔基复合体膜的再循环利用很重要）。

催化形成PI(3,4)P：和PI (3,4,5)P3的酶-P13 K可能是在第一个多细胞生物出现后，伴随进化需要更多复杂形式的代谢调节而诞生的。

不像很多我们所熟知的多磷酸肌醇，在第3位上有磷酸化基团的磷酸肌醇磷酸，即PI(3)P, PI(3,4)P和PI(3,4,5)几不是直接作为PLC的作用底物。此外，3-激酶和3-磷酸酶都是在受体介导的信号转导的调控下，同时PIP3可作为第二信使发挥作用。