细胞抽提物中，蛋白的回收率与活性可受多种因素影响。裂解液中盐浓度和去污剂相对量的微小变化，就可改变细胞裂解的速度与效率，从而对蛋白的回收率与活性造成很大的影响。这两种因素对那些与膜和细胞骨架等大分子结构相连的低溶解度蛋白来说尤为重要。此外，加入多种蛋白酶抑制剂，全面抑制蛋白水解的发生是必须的。开始阶段，最好进行少量预实验来确定盐和非离子去污剂的用量。最基本的裂解液应包含如下成分：缓冲剂（如25-50 mmoUL Tris·HCl, pH7. 5 )、非离子去污剂（如0. 1 % Triton X-100）、盐（如100-250mmol/L NaCl)、还原剂（如1 mmol/L DTT) 、稳定剂（比如5-10％甘油）、蛋白酶抑制剂（通常包括chymostatin，pepstatin A，leupeptin, antipain各5mg/ml,1 mmol/L PMSF以及2mmol/L benzamidine )，以及金属离子鳌合剂，如EDTA和EGTA等。EGTA (2mmol/L）常用于鳌合那些对蛋白酶活性维持至关重要的二价金属离子。

但是，由于EGTA也可能抑制那些需要金属离子的正常酶的活性，有时反而要在裂解液中同时加入适量的金属离子，或者改用EDTA来代替EGTA。如果蛋白质磷酸化状态对于目标蛋白间相互作用比较重要的话，裂解液中还应加入磷酸酶抑制剂。这类试剂包括50mmol/L氟化钾、5mmol/L焦磷酸钠、50nmol/L冈田酸（Oka-daic acid）和1 mmol/L原钒酸盐( orthovanadate）等。在实际操作中，可根据具体的实验要求进行适当的调整，比如改变裂解液中NaCl (0-500mmol/L）以及Triton X-100 (0-1%）的浓度等。

细胞抽提物中总蛋白的浓度可用Bio-Rad蛋白浓度试剂盒或Pierce公司的BCA试剂盒测得。然后，可取25-100 μg总蛋白样品，应用免疫印迹的方法确定一些内参蛋白和目标蛋白的含量或丰度。

通常情况下，需要检测细胞骨架蛋白、核糖体蛋白等作为内参蛋白或阳性对照。细胞抽提物中目标蛋白的含量可与免疫沉淀所得的蛋白量进行比较，来评价免疫沉淀的效率。