为了达到高的转染效率，在转染实验过程中，需要注意以下几点：

纯化siRNA

在转染前，要确认siRNA的大小和纯度。为得到高纯度的siRNA,推荐用玻璃纤维结合、洗脱或通过15％-20％丙烯酞胺胶除去反应中多余的核苷酸、小的寡核苷酸、蛋白和盐离子。

避免RNA酶污染

在RNA水平操作时，微量的RNA酶将导致RNAi实验失败。实验环境中RNA酶普遍存在，如皮肤、头发、所有徒手接触过的物品或暴露在空气中的物品等，因此在直接操作RNA时，保证实验每个步骤不受RNA酶污染非常重要。

健康的细胞培养物和严格的操作确保转染的可重复性

通常，健康的细胞转染效率较高。此外，较低的传代数能确保每次实验所用细胞的稳定性。为了优化实验，推荐用50代以前的细胞进行转染，否则细胞转染效率会随时间的延长而明显下降。

避免使用抗生素

建议从细胞接种到转染后72小时期间，避免使用抗生素。抗生素会在穿透的细胞中积累毒素。有些细胞和转染试剂在siRNA转染时，需要无血清的条件。这种情况下，可同时用正常培养基和无血清培养基做对比实验，以得到最佳转染效果。

选择合适的转染试剂

针对siRNA制备方法，以及靶细胞类型的不同，选择好的转染试剂和优化的操作，对siRNA实验的成功至关重要。

通过合适的阳性对照优化转染和检测条件

对大多数细胞，管家基因是较好的阳性对照。将不同浓度的阳性对照的siRNA转入靶细胞，转染48小时后，统计对照蛋白或mRNA相对于未转染细胞的降低水平。过多的siRNA，将导致细胞毒性以至死亡。

通过标记siRNA来优化实验条件

荧光标记的siRNA能用来分析siRNA的稳定性和转染效率。标记的siRNA还可用作siRNA胞内定位及双标记实验（配合标记抗体），来追踪转染过程中导入了siRNA的细胞，将转染与靶蛋白表达的下调结合起来。