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何为聚合酶链式反应

发布时间:2015-11-12 00:00 作者:中国标准物质网 阅读量:889

1983年春天的一个傍晚,位于旧金山附近鲸鱼座(Cetus)公司的生物化学家凯利•穆利斯(KaryMullis)下班后开车回家,他家在加州静谧的安德森峡谷。旧金山湾区正开始埋下一门新科学的种子,那就是生物技术。分子生物学家已经知道,如何利用酶来打开DNA分子,以及如何把来自无关生物的基因插入DNA分子。但是克隆细菌来制造新一批基因,要求可观的人力,而细菌培养只能产生少量的目标DNA。穆利斯开车走在128号公路上的时候,反复地考虑这个问题。他想起曾经读到过一种生活在温泉里的细菌,它体内的酶在高温下仍有活性,而其他大部分酶在那种温度下都熔化了。回到自家小屋之前,凯利•穆利斯已经有了一个想法,这一想法将给生物学带来彻底的变革。

1966年,著名的微生物生态学家托马斯•布罗克(ThomasBrock)和助教哈德森•弗里兹(HudsonFreeze)在黄石国家公园滚热的蘑菇泉泉水中发现了一种细菌。他们把这个菌种命名为水生栖热菌(Thermusaquaticus),简称Taq,并送了一份细菌培养物到华盛顿附近的国家微生物保藏中心。不少微生物学家研究了这种嗜热菌和它的酶类,但Taq似乎也没什么用。穆利斯觉得,Taq实际上具有至关重要的特性。

在接近93℃时,DNA就变得不稳定了,双链会分开,或者说DNA变性了,分成了两条单链,不再是通常见到的那种标准形态的双螺旋。回到实验室,穆利斯加热DNA混合物,让分子变性,然后加入被称为引物的DNA片段,还加上了他从Taq菌里提取出来的DNA聚合酶。接着,穆里斯把混合物温度降到大约68℃,这个温度下,DNA聚合酶开始利用原有的DNA链和引物来合成新的DNA拷贝。通过反复给混合物加热、降温,穆利斯能在20分钟里合成出一百万个新DNA的拷贝,在30分钟里合成出十亿个。分子生物学家把这种从较小的、单个的DNA片段来合成数百万个DNA拷贝的过程叫作扩增。Taq菌的DNA聚合酶是穆利斯发明的关键,因为这个酶能耐受反复加热到极高的温度,然后在降低温度(其实仍然是高温)后还能执行DNA合成的步骤。

这个新的过程被称为聚合酶链式反应(PCR)。PCR让人们能分析研究零星的微生物DNA碎片。迈克尔•克莱顿(MichaelCrichton)在他1990年出版的小说《侏罗纪公园》里,把握住了PCR的非凡潜力。在这部小说里,科学家扩增了保存在古代珑泊里的恐龙DNA。虽然PCR能够扩增已经在自然界休眠若干年的DNA片段,但是《侏罗纪公园》电影演的,重新构建出一套完整的已灭绝的基因组看起来不太真实,因为克隆缺失部分的DNA很容易出错。如今,计算机程序能计算出所缺失的DNA片段的可能的碱基序列,来填补受损DNA上的缺口。随着这些程序能力的提升,科学家们在重建已灭绝生物的DNA时将具有越来越高的准确性。

电视罪案剧里的角色说,“我们需要加急检测DNA",苦恼的实验室技术人员几分钟内就在电脑屏幕上通过DNA比对获得了坏人的名字(同时还有近照)。这些场景描述了PCR在分析生物材料上的力量,但事实上,完整的PCR澡作花的时间更长。技术人员得先准备DNA-引物一聚合酶的混合物。要有一台可进行加热、冷却的机器,也就是热循环仪。扩增DNA片段至少需要两个小时。接下来,科学家必须测定DNA亚单位或者说碱基的序列,若是用到自动测序仪,就还得再用上24个小时。如果没有这种仪器,人工测序会需要3周的时间。

食品药品监督管理局(FDA)和其他政府机构已将PCR用于案件侦破。2009年初,FDA开始进行一次食物产品的召回,这次召回包含了3900种花生酱产品,它们被怀疑是造成全国范围内沙门氏菌爆发、并导致700人生病和9人死亡的元凶。微生物学家利用PCR来扩增产品中细菌的DNA,并测定了病原体的独特序列。这种所谓的DNA指纹图谱,带领疾控中心(CDC)的调查员来到了佐治亚州布莱克利的一个制造厂。工厂屋顶有渗漏,这会使被带有沙门氏菌的鸟粪污染的雨水直接落到食物生产设备上,还可能直接就落到了花生酱里。现在,微生物学家就可以追踪来自人粪便样本的单个病原体菌株,可以定位到某个特殊的农场,包装线上的某个班次,甚至具体某块农田。

实时PCR出现了,这是一种更快捷的分析样本的方式,以避免罪案变得陈旧,线索难觅。进行实时PCR的过程中,监测器可检测到在热循环仪中扩增DNA时越来越多DNA的形成。这和传统PCR不一样,传统PCR还需要另外几天来分析热循环仪步骤的终产物。实时PCR已在对抗全球性偷猎行业的行动中发挥协助作用,这一行业会对濒危动物的兽皮、毛皮、内脏、角、羽毛和外壳还有鱼子酱进行交易。偷猎嫌犯衣服上极小的动物血滴,就能帮助解决一个案件。检测黑市上贩卖的象牙,已能将象牙定位到非洲的特定象群里,有时候还能定位到特定的家系里。

凯利•穆利斯因为开发出PCR技术,获得了1993年的诺贝尔化学奖。过了不久,这位不可思议的穆利斯先生,参加了一场运动,质疑HIV引发艾滋病的观点。

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