海洋或者陆地动物，如果摄入未提炼的原油，就会受到毒害。石油中的芳香烃类化合物，带有碳环结构（苯、甲苯、二甲苯，等等），能损害组织、酶类和神经系统。细菌把原油看成是富含碳、易消化的食物。生物工程师已经开始彻底改变这个过程了。

创业公司，比如说美国加州的L59公司，已经利用生物工程改造过的大肠杆菌和其他细菌来生产烃类，然后炼油厂会把烃类变成燃料，这种生产过程不会排出含硫气体。传统的精炼厂会形成含硫气体。微生物学家知道如何去对细菌的脂肪酸合成做些微小的改变，这样就可以让细胞生产汽油而不是脂肪。生物工程改造过的菌种可能很快就可以大量制造出具有特定链长的烃分子，用以调节辛烷值。

重的、难于提取的石油，占石油储备的比例在上升，因为石油巨头抽走了较轻、较干净的原油。现在，地质微生物学家正在寻找能把重油变成优质内燃机燃料的细菌。今天石油的开采速度，哪怕只提高5个百分点，也会对世界的石油供应产生重大的影响。
固定氮的细菌，也就是说，直接捕捉空气中氮气的细菌，它们释放出氢气，氢气曾被吹捧为化石燃料的一种替代产品。对异养菌、某些光合细菌以及厌氧菌来说，氢是它们正常新陈代谢的一部分。为了让细菌产生烃类成为将来的燃料，就需要设计出大发酵罐，能让光合作用所需的阳光照进来，可能还要能让多个菌种相互协作。比如说，某个产生氢气的厌氧菌，可能要和厌氧的光合细菌配合工作，靠后者来吸收阳光给整个系统提供能量。

目前，制造氢气的化学方法中，包括以代价昂贵且富有挑战性的技术工艺来分裂水分子。细菌能用氢化酶来把水分子裂解成氢和氧，相对于生产车间里进行的同样的反应，这个裂解过程所需能量较少。一些细菌的氢化酶只需要有一点点硒、铁和镍来稳定反应过程。生物化学家已在开发一种嗜热的梭菌（Clostridium），这种梭菌能在60℃左右完成反应，而且不需要再加入额外的金属。

牛津大学的化学家也把氢化酶和一种光敏染料连结到一种很小的二氧化钦颗粒上。在这个系统里，光合微生物通过捕捉太阳能来供应自身能量。没有一家传统的化学公司敢夸下海口，说能做到同样的事。

类似的非光照系统包括了大肠杆菌的氢化酶与来自生氢氧化碳嗜热菌（Carhoxydothermushydrogenoformans）的一氧化碳脱氢酶（carbonmonoxidedehydrogenase,CMD）。CMD分解一氧化碳。

整个反应过程如下：

一氧化碳（CO)＋水（H2O)→二氧化碳（CO2）＋氢气（H2)

催化这个反应的生氢氧化碳嗜热菌是一种厌氧菌，1991年从日本海国后岛（KunashirIsland）的淡水温泉里分离出来。位于布伦瑞克的德国菌种保藏中心拥有这种罕见微生物在全球为数不多的培养物之一。

聪明的读者会注意到，前面提到的反应虽然消除了温室气体一氧化碳，但却带来了全球变暖的另一个祸首—二氧化碳。科学家已经构思出多种方法要把二氧化碳从空气中拽出来。这些想法包括在地面布满巨大的过滤器，让其吸收二氧化碳，然后把二氧化碳泵进地底深处。其他人则提出说，向海洋里播散些营养物，这样藻类和蓝细菌的数目会增加，就可以消耗更多的二氧化碳。

细菌世界里，消耗二氧化碳的细菌占据着特殊的位置。化能无机营养菌（只在无机盐和二氧化碳中生长）和光能无机营养菌（在阳光和二氧化碳的环境下生长）从大气中吸收二氧化碳气体。其他重要的消耗二氧化碳的细菌，生活在暗处，在那儿，它们能消化有机质，同时防止废弃物占据地球。