有机药物多数具有弱酸性或弱碱性，在体液中可部分解离。药物的解离度取决于解离常数pKa和介质的pH。以羟酸和含胺类化合物为酸碱药物代表，pKa的计算方法如下：

酸性药物：

RCOOH＋H2O↔RCOO-+H3O+pKa=pH-Ig([RCOO-])/([RCOOH])

碱性药物：

RNH2＋H2O↔RNH3++OH-pKa=pH-Ig([RNH2])/([RNH3+])

解离度对药物活性的影响主要表现在对药物吸收、转运和对药物一受体相互作用的影响。适宜的解离度才能使药物显示最好的药效。由于多数药物呈弱酸弱碱性，在体液中可部分解离，其离子型和分子型按一定比例达到平衡。通常药物以未解离的分子型通过生物膜，进入细胞后，在膜内的水相介质中解离成离子型再起作用。如果药物的生物活性主要是由离子型产生的，则活性随着药物解离度的增加而增加。如果药物的生物活性主要是由非离子型所产生的，则随着药物解离度的增加，将会使生物活性降低。

胃肠道的pH从胃部的pH大约为1到十二指肠部位的pH大约为5，然后持续增加，根据解离常数可计算出药物在胃肠道各部位的离子型和分子型的比率，这就决定了药物在各部位的吸收情况和给药形式。

药物化学结构的部分改变，有时会对药物解离常数产生较大的影响，从而影响其生物活性。临床上一方面可以利用改变药物的解离度降低药物的毒副作用。如在药物结构中引入季按基团，增大解离度，使其难以通过血脑屏障，以达到减少药物对中枢神经系统不良反应的目的。另一方面可以利用改变药物的解离度决定其吸收和作用部位。