药物的药理作用主要依赖于分子整体，但某些特定官能团的变化可使分子结构和性质发生变化，影响药物与受体的结合而影响药效。一般药物分子结构中有多种活性功能基团，每种官能团对药物性质的影响不同，对药效亦产生不同的影响，通过分析特定官能团的作用，将局部结构的改变与整体理化性质相联系，可对构效关系有更全面的认识。药物结构中常见官能团对药效的影响如下。

烷基：增加脂溶性，降低解离度，增加空间位阻，增加稳定性，延长作用时间

卤素：强吸电子基，影响电荷分布、脂溶性及药物作用时间，提高生物活性

羟基：可形成氢键，增加水溶性，减少生物活性，降低毒性

巯基：增加脂溶性，易于吸收，影响代谢

醚和硫醚：氧原子有亲水性，碳原子有亲脂性，有利于药物运转与定向分布，增加生物活性

磺酸基：增加水溶性，生物活性减弱，毒性降低

羧基：增加水溶性，增强生物活性

酯基：增大脂溶性，增强生物活性，易吸收和转运

酰胺基：易与生物大分子形成氢键，易与受体结合，显示结构特异性

氨基：可形成氢键，增加水溶性，提高生物活性