为使采集的水样具有代表性，能够反映水质在时间和空间上的变化规律，必须依据不同的水体功能、水文要素和污染源、污染物排放等实际情况确定合理的采样时间和采样频率，一般原则是：

①饮用水源地、省级交界断面中需要重点控制的监测断面每年至少监测12次；

②对于较大水系、河流、湖泊、水库上的监测断面逢单月采样一次，全年监测6次；国控监测断面（或垂线）每月采样一次，一般在每月的5-10日进行；

③受潮汐影响的监测断面的采样，分别在大潮期和小潮期进行。每次采集涨、退潮水样分别测定。涨潮水样应在断面处水面涨平时采样，退潮水样应在水面退平时采样；

④水系的背景断面每年采样一次；

⑤如某必测项目连续三年均未检出，且在断面附近确定无新增排放，而现有污染源排污量未增的情况下，每年可采样一次进行测定，一旦检出，或在断面附近有新的排放源或现有污染源有新增排污量时，即恢复正常采样；

⑥遇有特殊自然情况，或发生污染事故时，要及时采用应急监测方案，增加采样频次；局部水流域河道整治时，应在一定时期内增加采样频次，具体方案由整治工程所在的地方环境保护行政主管部门制定。