容器的洗涤是处理容器内壁，以减少其对样品的污染或其他相互作用。容器的洗涤要根据水样测定项目的要求来确定清洗容器的方法。

通用的洗涤方法是，玻璃瓶和塑料瓶首先用自来水和清洗剂清洗，以除去灰尘和油垢，再用自来水冲洗干净后用去离子水充分荡洗三次。

对有特殊要求的容器的洗涤方法是，首先用自来水和清洗剂清洗，以除去灰尘和油垢，并用自来水冲洗干净后，再分别按特殊要求进行处理。测定金属类的容器，使用前先用洗涤液清洗后，再用自来水冲洗干净，必要时用10％硝酸或盐酸剧烈振荡或浸泡，再用自来水冲净后用蒸馏水清洗干净；测定有机物的玻璃容器，先用洗涤剂清洗，再用自来水冲洗，然后再用蒸馏水清洗干净，加盖存放备用；测定铬的容器，不能用铬酸洗液或盐酸洗液，只能用10％硝酸泡洗；测定总汞的采样容器，用1:3硝酸洗后放置数小时，然后用自来水和蒸馏水漂洗干净；测定油类的容器，应按通常洗涤方法洗涤后，还要用萃取的洗涤液洗2-3次；细菌检验的采样容器，除作普通清洗外，还要做灭菌处理，并在14天内使用。

采样容器清洗后应作质量检验，若因洗涤不彻底而有待测物质检出时，整批容器应重新洗涤。