1．试剂的浓度研究某种药物的作用时需要确定它的最佳作用浓度。初次试验时，可以选择较宽的浓度范围，如1×10-6mol/L、1×10-5mol/L、1×10-4moLL、1×10-3mol/L；接下来的试验，根据首次结果再选择一个较窄的浓度范围，最终找到最佳作用浓度。

2．试剂的作用时间有些药物很快起作用，而另一些则缓慢地起作用，有的仅仅只需要几分钟便可达到所需的效果，而某些周期依赖性的抗代谢药物，则可能需要数天才能发挥效应，需要确定药物的最佳作用时间。延长作用时间可以适应敏感性，这可能与损伤的积累效应有关。

3．细胞密度药物作用于细胞时，细胞的密度会影响细胞对药物的反应，例如HeLa细胞在细胞密度很高时对烷化剂甲基氮芥不敏感。为了明确细胞密度的影响，在预孵育以及加药的过程中，应选择不同的细胞密度，以确定合适的细胞密度。

4．集落大小某些药物虽然没有细胞毒性，但可以抑制细胞的增殖，长时间暴露在这些药物中后，细胞集落的体积会变小，但集落的数目不会减少。在这种情况下，细胞的集落应采用密度计量学、自动集落计数或用肉眼计数每个集落中的细胞数目来确定。在进行集落计数时，需要注意每个集落细胞数的阈值完全是主观判断的，通常情况下，大多数集落的细胞往往都超过了计数的数目。当集落长到一定程度（>1×103细胞）时生长速度会慢下来，而那些仍然处在对数生长期的小集落会迅速生长并赶上这些较大的集落。计数集落时，可以在较大集落生长变慢之前进行染色，然后计数集落数。

5．溶剂某些待测物质很难溶于水，只能溶于有机溶剂，经常使用的有机溶剂有乙醇、丙二醇和二甲基亚砜，但是这些有机溶剂本身对细胞就具有毒性，因此在配液时应当尽量使用低浓度的溶剂。例如，待测物质以高浓度溶于100％乙醇中，然后逐渐用BSS稀释，最终培养基中有机溶剂的终浓度应＜0.5%，这也适用于对照组，即不含待测物质的相同浓度有机溶剂作为对照组。在加入有机溶剂时须谨慎使用塑料和橡胶制品，未经稀释的有机溶剂最好用玻璃器材，只有当有机溶剂浓度<10%时才可以使用塑料制品。

尽管计算克隆形成率是测定细胞存活率的最好方法之一，但是只有在克隆效率足够高、所形成的集落能代表整个细胞群体时，该方法可使用。在理想状态下，对照组的贴壁效率应是100%；然而，实际上这种可能性极小，对照组的贴壁效率在20%或更低时通常也是可以接受的。