菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。

通常越干净的食品，单位样品菌落总数越低，反之，菌落总数就越高。菌数的增多和食品的变质常有一定的联系，但和食品安全性不一定直接相关。因为在含菌数量不多的食品中，也可能有病原菌的存在，而且有的食品本身已有细菌的繁殖并产生了毒素，但后来由于环境不适合于细菌生存反而使菌数减少（如干制食品）。这样虽检出的菌数不很高，而里面仍保留着细菌毒素。相反，有的食品检出菌落总数很高，却不含致病菌，不存在安全问题。在这种情况下，就不能单凭细菌总数来判定食品的卫生程度。