目前人们已分离了许多可降解农药的微生物，这些微生物包括细菌、真菌、放线菌和藻类。其中，对细菌的研究较为深人，其次是真菌。可降解农药的微生物的获得途径主要有：从受农药严重污染的土壤中筛选分离具优良性状的菌种；定向培育优良菌种；在此基础上，进行诱变育种及构建工程菌。从受农药严重污染的土壤中筛选分离具优良性状的菌种是目前采用最多的一种方法，一般是利用农药排污口及周围或长期使用某一种农药的土壤，经富集培养，分离出可降解农药的高效菌株。定向培育优良菌种近年来也受到人们的关注，其方法就是在土壤中通过人为多次施药，培育可降解该农药的微生物。当再次施药时，经降解速率的测定，如发现农药在该土壤中的降解速度快于未施药土壤，则可确定可降解该种农药的微生物种群已被培育起来，尔后从中分离出高效菌株。农药降解菌之所以能够降解农药，归根结底是由其分泌的酶来完成的，因而，直接采用酶进行农药降解比用微生物处理更具有优势，主要表现在酶对外界环境条件的适应性、对低浓度农药的降解、对农药的降解范围和降解效能上比微生物更优越。可降解农药的酶有多种，主要有加氧酶、脱氢酶、偶氮还原酶和过氧化物酶等。在许多情况下，农药生物降解是在多种酶的协同作用下完成的。

    在降解农药的微生物中，往往一种微生物可降解多种农药，如细菌中较具代表性的假单胞菌属可降解DDT、r-BHC、艾氏剂、毒杀芬、马拉硫磷、二嗪农、甲拌磷、敌敌畏、甲基对硫磷、西维因、2，4-D、二甲四氯、茅草枯、地乐酚、灭草隆、西玛津、环草隆、氯醋酸、氯苯胺灵等。衙真菌的代表属曲霉属(Aspergillus)则可降解DDT、rBHC、艾氏剂、狄氏剂、异狄氏剂、七氯、敌百虫、溴硫磷、地虫磷、西维因、2，4-D、二甲四氯、柳芽丹、利谷隆、灭草隆、西玛津、阿特拉津、西尊净、扑草净、草乃敌、二硝基苯胺等。同时，一种农药也可被多种微生物所降解。如可降解DDT的微生物就包括细菌中的假单胞菌属、芽孢杆菌属、节细菌属、棒状杆菌属、无色杆菌属、土壤杆菌属、微球菌属、黄单胞杆菌属、埃希菌属、短杆菌属、沙雷菌属(Serratia)、链球菌属、梭状芽孢杆菌属、欧文菌属、库特菌属(Kurthia)、气单胞菌属、乳酸杆菌属、变形菌属等；真菌中的青霉属、根霉属、木霉属、镰刀荫属等；放线菌中的诺卡菌，藻类中的菱形藻属(Nitzschia)等。可以预见，随着农药新品种的不断涌现，新的污染问题也将产生，新的可降解这些农药的微生物也将被人们发现并利用。