蒸馏装置装好后，把要蒸馏的液体经长颈漏斗倒入蒸馏烧瓶中。漏斗的下端须伸到蒸馏烧瓶支管的下面。若液体中有干燥剂或其他固体物质，应在漏斗上放滤纸，或一小撮松软的棉花或玻璃毛等，以滤去固体。也可把蒸馏烧瓶取下来，斜拿住，使支管略向上，把液体小心地沿器壁倒入瓶中。然后往蒸馏烧瓶中放入几根毛细管。毛细管的一端封闭，开口的一端朝下。毛细管的长度应足使其上端贴靠在烧瓶的颈部。也可投入2一3粒沸石以代替毛细管。沸石常用未上釉的瓷片敲碎成半粒米大小的小粒。毛细管和沸石的作用都是防止液体暴沸，使沸腾保持平稳。当液体加热到沸点时，毛细管和沸石均能产生细小的气泡，成为沸腾中心。在持续沸腾时，沸石（或毛细管）可以继续有效，一旦停止沸腾或中途停止蒸馏，则原有的沸石即可失效，在再次加热蒸馏前，应补加新的沸石。如果事先忘记加沸石，则绝不能在液体加热到近沸腾时补加，因为这样往往会引起剧烈的暴沸，使部分液体冲出瓶外，有时还易发生着火事故。应该待液体冷却一段时间后，再行补加。如果被蒸馏液体很黏稠或含有较多的固体物质，加热时很容易发生局部过热和暴沸现象，加入的沸石也往往失效。在这种情况下，可以选用适当的热浴加热。例如，可采用油浴。是选用合适的热浴加热，还是通过石棉铁丝网加热(烧瓶底部一般应贴在石棉铁丝网上），要根据蒸馏液体的沸点、黏度和易燃程度等情况来决定。

加热前，应再次检查仪器是否装配严密，必要时，应作最后调整。开始加热时，可以让温度上升稍快些。开始沸腾后，应密切注意蒸馏烧瓶中发生的现象；当冷凝的蒸汽由瓶颈逐渐上升到温度计水银球的周围时，温度计的水银柱就很快地上升。调节火焰或浴温，使从冷凝管流出液滴的速度约为1一2滴·s^-1。应当在实验记录本上记录第一滴馏出液滴入接收器时的温度。当温度计的读数稳定时，另换接收器集取。如果温度变化较大，须多换几个接收器集取。所用的接收器都必须洁净，且事先都须称量。记录每个接收器内馏分的温度范围和质量。若要集取馏分的温度范围已有规定，即可按规定集取。馏分的沸点范围越窄，则馏分的纯度越高。

蒸馏的速度不应太慢，否则易使水银球周围的蒸汽短时间中断，致使温度计上的读数有不规则的变动。蒸馏速度也不能太快，否则易使温度计读数不准确。在蒸馏过程中，温度计的水银球上应始终附有冷凝的液滴，以保持气液两相的平衡。

蒸馏低沸点易燃液体时（例如乙醚），附近应禁止有明火，绝不能用灯火直接加热，也不能用正在灯火上加热的水浴加热，而应该用预先热好的水浴。为了保持必需的温度，可以适时在水浴中添加热水。

当烧瓶中仅残留少量(0.5一1ml）液体时，即应停止蒸馏。