生物指数是根据某类或几类水生生物数量的多寡来表达环境质量等级。早期的生物指数如Beck生物指数，是一种简单的数量关系，而有的指示种污染耐受较宽，常常在较清洁水体中也出现，因此具有一定的局限性和片面性。此后，日本的津田松苗于对Beck生物指数作了多次修改形成贝克一津田生物指数。另外还有硅藻生物指数、Goodnight-Whitler修正指数、污生指数(SI)、Gleason指数。硅藻生物指数在国内外被广泛应用，有研究发现，硅藻生物指数更适用于轻度污染水体的水质评价，如果利用该指数评价中-高度污染水体时，所得到的数值往往偏高。

（1）硅藻生物指数（Diatoma Biological Index, DBI )

计算公式为：

DBI= (2A+B-2C／(A+B-C)x100

式中：A—不耐污的硅藻种类数；

B—广适性硅藻种类数；

C—在a-中污带和多污带出现的硅藻种类数。

判断标准为：DBI大于150为寡污带；100～150为β-中污带；0～100为a-中污带；0为多污带。

(2）污生指数（Saprobic Index, SI)

计算公式为：

式中：S—某一种指示生物（浮游植物）的污生指数分值，多寡污种到多污种分为1～4

四个值，寡污带=1；中污带＝2；中污带=3；多污带=4;

h—该种生物的出现频率／丰度，从少到多分为五级：1级一种类极少；2级一种

类少；3级一种类较多；4级一种类多；5级一种类极多。

SI判断标准：0.51～1.5为寡污带；1.51～2.5为β-中污带；2.51～3.5为a-中污带；3.51～4.5为多污带。

(3）Simpson生物指数

计算公式为：

式中：n_i—第i种的密度（ind./m²) ;

N—总密度（ind./m²)。

判断标准为：大于6为为清洁；6.0～3.0为轻污；3.0～2.0为中污；小于2.0为重污。

(4) Goodnight-Whitely修正指数（GBI )

计算公式为：

GBI＝(N-Noil)/N

式中：N—样品中底栖动物个体总数；

Noil—样品中寡毛类个体总数。

判断标准为：GBI值在1～0.4表示水质清洁到轻污染；0.4～0.2为中污染；0.2～0为重污染，0的含义是样品中的底栖动物全部为寡毛类；0为严重污染，0的含义为样品中无底栖动物生存。

优势种是根据物种的出现频率及个体数量来确定，用优势度来表示：

y=f_i×P_i

式中：Y—优势度；

f_i—第i种的出现频率；

P_i—第i种个体数量在总个体数量的比例。

当y>0.02时，定为优势种。