被分析样品以适当的方法从毛细管一端进入。样品被引入后，开始施加电压，典型的操作电压为5～30kv，操作时间一般为1～45min。运行开始后，在电泳力的作用下，带正电荷的组分向负极移动，带负电荷的组分向正极移动。另外由于电渗流的速度大于一般离子的电泳速度，通常石英毛细管内表面的负电荷电渗流方向由正极到负极，所以所有的组分都向负极移动。阳离子的总迁移速度为电泳速度和电渗速度的加和，而阴离子的总迁移速度为电渗速度减去其电泳速度。故阳离子的流速比电渗流快，阴离子的流速比电渗流慢，中性物质的流速与电渗流相向。因此，可用中性物质的出峰时间来测定电渗流，由此，阴、阳离子可在一次运行中分离。

影响电渗流的因素

1．电场强度

当毛细管长度一定时，电渗流速度正比于电泳时的丁作电压。

2．毛细管材料

毛细管材料不同，所带电荷特性不同，产生的电渗流大小也不同。

3．溶液的PH值

当内充液的pH值不同时，毛细管内壁硅羟基电离程度不同，它们的表面电荷特性不同，在pH4～10之间，随着pH值上升，电渗流迅速增强。pH<2.5，电渗流近于零。
内充液的pH值对电渗流大小的影响很显著。控制溶液pH值稳定，对于保持电渗流稳定、保证电泳分离结果的重现性极为重要。所以，CE操作必须在适当的缓冲溶液中进行。

4．电解质溶液的成分和浓度

电解质溶液中离子的电荷、半径以及浓度不同，它们的电导也不同。由此在相同工作电压下毛细管中的电流会有很大差别，使毛细管焦耳热(毛细管两端加电压、毛细管中缓冲溶液有电流通过时产生的热量)不同。缓冲溶液温度不同，粘度不同，导致电渗流的大小也不同。缓冲溶液离子强度增加，电渗流不同程度地下降。

5．温度的影响

毛细管内温度升高，使溶液的黏度下降，电渗流增大。

6．添加剂的影响

为改善电泳分离的效率和选择性，常常往缓冲溶液中加入某些试剂，如中性盐类、两性离子、表面活性剂、有机溶剂等，把加入的试剂统称为缓冲溶液添加剂。