傅里叶变换质谱法是离子回旋共振光谱法(ion cyclotron resonance spectrometry，ICR)与现代计算机技术相结合而产生的一种新型质谱法。

傅里叶变换质谱法是基于离子在均匀磁场中的回旋运动，是在原来回旋共振分析器的基础上发展起来的。因此，首先叙述离子回旋共振的基本原理。假定质荷比m／e的离子进入磁感应强度为H的磁场中，由于受磁场力的作用，离子作圆周运动，如果没有能量的损失和增加，圆周运动的离心力和磁场力相平衡，即：

mv²／R=Hev 或f=He／m

式中，f为离子运动的同旋频率(单位为弧度／秒)。由公式可以看出，离子的回旋频率与磁场强度成正比，而与离子的质荷比成反比，当磁场强度固定后，只需精确测得离子的共振频率，就能准确的得到离子的质量。测定离子共振频率的办法是外加一个射频辐射，如果外加射频频率等于离子共振频率，离子就会吸收外加辐射能量而改变圆周运动的轨道，沿着阿基米德螺线加速，离子收集器放在适当的位置就能收到共振离子。改变辐射频率，就可以接收到不同的离子。但普通的回旋共振分析器扫描速度很慢，灵敏度低，分辨率也很差。傅立叶变换离子回旋共振分析器采用的是线性调频脉冲来激发离子，即在很短的时间内进行快速频率扫描，使很宽范围的质荷比的离子几乎同时受到激发。因而扫描速度和灵敏度比普通回旋共振分析器高得多。

分析室是一个立方体结构，它是由三对相互垂直的平行板电极组成，置于高真空和由超导磁体产生的强磁场中。第一对电极为捕集极，它与磁场方向垂直，电极上加有适当正电压，其目的是延长离子在室内滞留时间；第二对电极为发射极，用于发射射频脉冲；第三对电极为接收极，用来接收离子产生的信号。样品离子引入分析室后，在强磁场作用下被迫以很小的轨道半径作回旋运动，由于离子都是以随机的非相干方式运动，因此不产生可检出的信号。如果在发射极上施加一个很快的扫频电压，当射频频率和某离子的回旋频率一致时共振条件得到满足。离子吸收射频能量，轨道半径逐渐增大，变成螺旋运动，经过一段时间的相互作用以后，所有离子都做相干运动，产生可被检出的信号。做相干运动的正离子运动至靠近接收极的—个极板时，吸收此极板表面的电子，当其继续运动到另一极板时，又会吸引另一极板表面的电子。这样便会感生出“象电流”，象电流是一种正弦形式的时间域信号，正弦波的频率和离子的固有回旋频率相同，其振幅则与分析室中该质量的离子数目成正比。
如果分析室中各种质量的离子都满足共振条件，那么，实际测得的信号是同一时间内作相干轨道运动的各种离子所对应的正弦波信号的叠加。将测得的时间域信号重复累加，放大并经模数转换后输入计算机进行陕速傅立叶变换，便可检出各种频率成分，然后利用频率和质量的已知关系，便可得到常见的质谱图。

利用傅立叶变换离子回旋共振原理制成的质谱仪称为傅立叶变换离子回旋共振质谱仪(Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometer)，简称FT—MS。FT—MS有如下明显的优点：

①分辨率极高，商品仪器的分辨可超过1×106。，在高分辨率下不影响灵敏度。而双聚焦分析器为提高分辨率必须降低灵敏度。同时，FT一MS的测量精度非常好，能达到百万分之几，这对于得到离子的元素组成是非常重要的。

②分析灵敏度高，由于离子是同时激发同时检测，因此比普通回旋共振质谱仪高4个量级，而且在高灵敏度下可以得到高分辨率。

③具有多级质谱功能。

④可以和任何离子源相联，拓宽了仪器功能。

⑤此外，还有诸如扫描速度快，性能稳定可靠，质量范围宽等优点。

当然，另一方面，盯一MS由于需要很高的超导磁场，因而需要液氦，仪器售价和运行费用都比较贵。