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实时荧光定量PCR检测沙门菌

发布时间:2018-10-08 00:00 作者:中国标准物质网 阅读量:1229

沙门菌是一类常见的革兰阴性杆菌,目前至少发现67种O抗原和2000个以上的血清型,其中部分能引起人类疾病。所致疾病分为三种类型:肠热型、肠炎型和败血症。沙门菌通过肠道感染,是食品卫生部门重点检验的菌种,每一个带菌者都是潜在的传染源,应及早发现患者,进行隔离治疗,对饮食加工和服务人员应做定期健康检查。

检验沙门菌最常见的方法就是培养法,耗时比较长,一般需要4~7d。快速检验法有运动性增菌法、免疫扩散等方法,但特异性均不高,且需要增菌。一般作为辅助性实验诊断法。PCR法是敏感、特异、快速的新方法,为实验室检测沙门菌提供了新的思路。

(一)实验材料

乳及乳制品。

(二)方法提要

乳及乳制品经增菌后,取增菌液1mL加到1.5mL无菌离心管中,8000×g离心5 min,尽量弃去上清液;提取DNA,取DNA模板进行荧光PCR扩增,观察荧光PCR仪的实时曲线,对乳及乳制品中的沙门菌进行快速检验。

(三)试剂和材料

试剂为分析纯或生化试剂实验用水应符合GB/T 6682中一级水的规格,所有试剂均用无DNA酶污染的容器分装。
1.检测用引物(对)序列

5'-GCGTTCTGAACCTTTGGTAATAA-3'

5'-CGTTCGGGCAATTCATTA-3'

引物(对)10 umol/L。

2.探针

5'-FAM-TGGCGGTGGGTTTTGTTGTCTTCT-TAMRA-3'

10 umol/L。

3.其他试剂

TagDNA聚合酶;dNTP:100 mmol/L。

核酸裂解液:2% CTAB, 100mmo/L Tris-盐酸(pH 8.0), 1.4mol/L氯化钠,20mmo/L EDTA(pH 8.0)。

10×PCR缓冲液:100mmol/L Tris-盐酸(pH 8.3) , 0.5mol/L氯化钾,15 mmol/L氯化镁

(四)仪器和设备

实时荧光PCR仪;离心机:最大离心力≥16000×g;微量移液器:10、100、200、1000uL;恒温培养箱:(36±1)℃;恒温水浴箱:(80±0.5)℃;冰箱:2~8℃,-20℃;高压灭菌器;核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计;pH计;天平:感量0.01g。

(五)检测步骤

1.取样和增菌

取样前消毒样品包装的开启处和取样工具,无菌称取样品25g加入装有225 mL预热到45℃的灭菌水的三角瓶中,使样品充分混匀,(36±1)℃培养18~22h。分别移取培养18~22h的悬液各10 mL加入90 mL缓冲蛋白胨水中,(36±1)℃培养18~22h。

2.模板DNA准备

每瓶培养的缓冲蛋白陈水分别取1mL加到1.5mL离心管中。13000~136000×g离心2min,弃去上清液。加入600 uL核酸裂解液,重新悬浮起来。100℃水浴5 min后,冷却至室温。13000~16000×g离心3min,将上清液移至干净的1.5mL离心管中。加入0.8倍体积的异丙醇,放入冰箱静置1h或过夜。13000~16000×g离心2min,弃去上清液,吸干。70%乙醇轻柔倒置几次洗涤,13000~16000×g离心2min,小心弃去上清液。吸干,风干10~15min。100uL双蒸水4℃保存(如不能及时检验,置于-20℃保存)。

也可使用经过评估的等效的细菌核酸提取试剂盒。

3. DNA浓度和纯度的测定

取适量DNA溶液原液加双蒸水稀释一定倍数后,使用核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计测260nm和280nm处的吸收值。DNA的浓度按照下式计算:

P=A260×N×50       (5-10)

式中ρ—DNA浓度,ug/mL ;

A260—260 nm处的吸光值;

N—核酸稀释倍数

当浓度为10~100ug/mL, A260/A280比值在1.7~1.9之间时,适宜于实时荧光PCR扩增。

4.实时荧光PCR检测

反应体系总体积为25 uL,其中含:10×PCR缓冲液2.5 uL,引物对(10umol/L)各1uL, dNTP(10 umol/L) 1 uL, Taq DNA 聚合酶(5U/uL) 0.5uL,探针1 uL,水16 uL, 模板DNA 2 uL(浓度约10~100ug/mL)。反应步骤:94℃预变性1 min, 94℃变性5s,60℃退火延伸20s, 30个循环。

检验过程中分别设阳性对照、阴性对照、空白对照。以沙门菌纯培养物提取的DNA为阳性对照,以大肠杆菌或其他非沙门菌属肠杆菌纯培养物提取的DNA为阴性对照,以灭菌水为空白对照。

样品设3个重复,对照设2个重复,以Ct平均值作为最终结果。

5.结果判断

(1) PCR体系有效性判定

①空白对照:无荧光对数增长,相应的Ct>25.0。

②阴性对照:无荧光对数增长,相应的Ct>25.0。

③阳性对照:有荧光对数增长,且荧光通道出现典型的扩增曲线,相应的Ct<25.0。

以上三条有一条不满足,实验视为无效。

(2)检测结果判定在 PCR体系有效的情况下,被检样品进行检测时:

如有荧光对数增长,且Ct≤25,则判定为被检样品筛选阳性。

如无荧光对数增长,且Ct≤30,则判定为被检样品筛选阴性。

如25<Ct <30,则重复一次。如再次扩增后Ct仍为<30,则判定沙门菌筛选阳性;如再次扩增后无荧光对数增长,且Ct=30,则判定沙门菌筛选阴性。

文章来源:《食品质量与安全检测技术》

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