质谱仪种类繁多，不同仪器应用特点也不同，一般来说，在300℃左右能气化的样品，可以优先考虑用GC—MS进行分析，因为GC—MS使用EI源，得到的质谱信息多，可以进行库检索。不易汽化的样品，则需要用LC—MS分析，此时主要得分子量信息，如果是串联质谱，还可以得一些结构信息。如果是生物大分子，主要利用LC-MS和MALDI—TOF分析，主要得分子量信息。对于蛋白质样品，还可以测定氨基酸序列。质谱仪的分辨率是一项重要技术指标，高分辨质谱仪可以提供化合物组成式，这对于结构测定是非常重要的。双聚焦质谱仪，傅立叶变换质谱仪，带反射器的飞行时间盾谱仪等都具有高分辨功能。

质谱分析法对样品有一定的要求。GC—MS分析的样品应是有机溶液，或采用顶空进样技术。LC—MS分析的样品最好是水溶液或甲醇溶液，LC流动相中不应含不挥发盐。对于极性样品，一般采用ESI源，对于非极性样品，采用APCI源。

在定性分析中需要解决的问题是：研究化合物的分子质量、化学组成和结构。

分子质量的测定

质谱能对化合物提供的最有价值的一条信息可能就是分子量Mr。因为测量分子量是质谱仪最重要的性能。概括地说，该工作起始于电子轰击离子源(EI)，为纯的和有足够挥发性的化合物提供分子质量。在质谱中处于最高m／z的同位素族可能就是相应的分子离子，可以检验最邻近的碎片离子来确认。对于所要确认的离子峰，如果有处于M一1、M一2、M一15和M一18位置的峰是合理的，而失去3～14u或21—25u的峰一般认为是有杂质存在，或者是不正确的确认。其他实验，包括较低电子能量的EI谱或软离子化方法可以进一步来证实所确认的离子。但选择软离子化方法时应稍加注意，因为这些方法表现出很高的选择性。

许多非极性化合物不易结合一个质子，例如，多核芳香族化合物，用软离子化方法获得的谱图是很容易识别的。用软离子化方法时应注意，除了质子化的分子外还存在其他峰，例如，位于m／z+17、+22和(或)+38的峰分别来自氨合物、钠合物和钾合物分子，这些峰有助于确认正确的分子质量。同样用软离子化方法能获得良好结果的有用甲醇或乙腈做加合物的热喷雾LC—MS法和用甘油做加合物的快原子轰击离子化法。另外，用正离子模式产生m／z相应于[M+H]+离子，也可以用负离子模式，产生
m／z相应于[M—H]-离子，也有助于明确确定分子质量。在有些情况下特殊添加剂，例如，加氘化化合物到化学离子化试剂气体中，常常能探明所有确认的分子质量。

一般来说确定分子质量不是一件容易的事，然而实际上，只要了解有关化合物的自然本性知识、物理化学性质和质谱经验，大多数情况还是能够准确无误地确定分子质量的。