质谱仪种类很多，不同类型的质谱仪的主要差别在于离子源。离子源的不同决定了对被测样品的不同要求，同时所得到信息也不同。因此，在进行质谱分析前，要根据样品状况和分析要求选择合适的质谱仪。除了纯化合物的结构解析可使用直接进样分析外．一般药物分析目前均采用色谱一质谱联用技术，主要是：气相色谱一质谱联用仪和液相色谱一质谱联用仪，现就这两类仪器的分析方法叙述如下：

1．分析条件的选择

(1)GC—MS分析条件的选择

在GC—MS分析中，色谱的分离和质谱数据的采集是同时进行的。为了使每个组分都得到分离和鉴定，必须选择合适的色谱和质谱分析条件。

色谱条件包括色谱柱类型，固定液种类，汽化温度，载气流量，分流比，温升程序等。质谱条件包括电离电压，电子电流，扫描速度，质量范围，溶剂去除时间等。这些都要根据样品情况进行设定。

(2)LC—MS分析条件的选择

Lc分析条件的选择要考虑两个因素：使分析样品得到最佳分离条件并得到最佳电离条件。如果二者发生矛盾，则要寻求折中条件。LC可选择的条件主要有流动相的组成和流速。在LC和MS联用的情况下，由于要考虑喷雾雾化和电离，因此，有些溶剂不适合于作流动相。不适合的溶剂和缓冲液包括无机酸、不挥发的盐(如磷酸盐)和表面活性剂。不挥发性的盐会在离子源内析出结晶，而表面活性剂会抑制其它化合物电离。在LC—MS分析中常用的溶剂和缓冲液有水、甲醇、甲酸、乙酸、氢氧化铵和
乙酸铵等。对于选定的溶剂体系，通过调整溶剂比例和流量以实现好的分离。值得注意的是对于LC分离的最佳流量，往往超过电喷雾允许的最佳流量，此时需要采取柱后分流，以达到好的雾化效果。

质谱条件的选择主要是为了改善雾化和电离状况，提高灵敏度。调节雾化气流量和干燥气流量可以达到最佳雾化条件，改变喷嘴电压和透镜电压等可以得到最佳灵敏度。对于多级质谱仪，还要调节碰撞气流量和碰撞电压及多级质谱的扫描条件。

在进行LC—MS分析时，样品可以利用旋转六通阀通过LC进样，也可以利用注射泵直接进样，样品在电喷雾源或大气压化学电离源中被电离，经质谱扫描，由计算机可以采集到总离子色谱和质谱。

2．数据的采集

有机混合物经色谱柱分离后进人质谱仪离子源，在离子源被电离成离子。离子经质量分析器、检测器之后即成为质谱仪信号，计算机采集到具有一定离子强度的质谱，并自动将每个质谱的所有离子强度相加，显示出总离子强度，总离子强度随时间变化的曲线就是总离子色谱图，又称总离子流色谱图(total ion chromatogram，TIc)。总离子色谱图的形状和普通的色谱图是相一致的。它可以认为是用质谱作为检测器得到的色谱图。

质谱仪扫描方式有两种：全扫描和选择离子扫描。全扫描是对指定质量范围内的离子全部扫描并记录，得到的是正常的质谱图，这种质谱图可以提供未知物的分子量和结构信息，并进行库检索。选择离子监测(selec-t Ion monitoring，SIM)只对选定的离子进行检测，而其它离子不被记录，最大优点：一是对离子进行选择性检测，只记录特征的、感兴趣的离子，不相关的干扰离子统统被排除；二是选定离子的检测灵敏度大大提高。

由于选择离子扫描只能检测有限的几个离子，不能得到完整的质谱图，因此不能用来进行未知物定性分析。但是如果选定的离子有很好的特征性，也可以用来表示某种化合物的存在。选择离子扫描方式最主要的用途是定量分析，由于它的选择性好，可以把由全扫描方式得到的非常复杂的总离子色谱图变得十分简单，消除其它组分造成的干扰。

需要指出的是，Lc—MS得到总离子色谱图与由紫外检测器得到的色谱图可能不同。因为有些化合物没有紫外吸收，用普通液相色谱分析不出峰，但用LC-MS分析时会出峰。由于电喷雾是一种软电离源，通常很少或没有砰片，谱图中只有准分子离子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供结构信息，很难用来做定性分析。

为了得到未知化合物的结构信息，可使用串联质谱仪，将准分子离子通过碰撞活化得到其子离子谱，然后解释子离子谱来推断结构。如果只有单级质谱仪，也可以通过源内CID得到一些结构信息。