将DNA适当稀释，测定并记录其在260nm和280nm的紫外光吸收率，以一个OD260值相当于50μg／mL DNA浓度来计算纯化的DNA浓度。要求DNA溶液OD260／OD280值在1.7～2.0。

依据测得的浓度将DNA溶液稀释到25～50ng／mL，一20℃保存。

由于基因组DNA不宜反复冻融，因此建议对于需要经常使用的DNA需要分装，多管存放，需要使用时取出，融化后应该立即使用，使用结束后，剩余的DNA应在4℃冰箱短期保存，存放时间不宜超过14d。

常规PCR扩增反应

1．常规PCR扩增反应的质控设置

阴性对照以非转基因大豆DNA为模板；阳性对照采用相应的转基因大豆的DNA作PCR反应的模板，或采用含有待测基因序列的质粒；空白对照设两个，一是提取DNA时设置一个提取空白(以水代替样品)，二是PCR反应的空白对照(以水代替DNA模板)。

2．试样的PCR反应

在200μL或500μL的PCR反应管中依次加入10×PCR缓冲液5μL、1μL，各10mmol/L的四种脱氧核糖核苷酸(dATP，dCTP，dGTP，dTTP)的混合溶液，引物溶液(含上下游引物)各1μL，试样DNA模板用量25～50ng，Taq DNA聚合酶1μL，根据DNA模板的用量加入无菌重蒸馏水，使PCR反应体系达到50μL。再加约50μL石蜡油(有热盖设备的PCR仪可以不加石蜡油)。每个试样设3次重复。

以4000r／min离心10s后，将PCR反应管插入PCR仪中。95℃恒温5min；进行35次扩增反应循环(95℃恒温30s，58℃恒温30s，72℃恒温30s)；然后72℃恒温7min，取出PCR反应管，对反应产物进行电泳检测或在4℃下保存。

3．对照的PCR反应

在试样PCR反应的同时，应设置GMO阴性对照、GMO阳性对照和空白对照。

GMO阴性对照是指用非转基因大豆材料中提取的DNA作为PCR反应体系的DNA模板；GMO阳性对照是指用转基因大豆材料中提取的DNA作为PCR反应体系的DNA模板；空白对照是指用无菌重蒸水作为PCR反应体系的DNA模板。上述对照PCR反应体系中，除模板外其余组分与试样的PCR反应相同。

4．PCR产物的电泳检测

将适量的琼脂糖加入TAE缓冲液中，加热将其溶解，配制成琼脂糖浓度为2％的溶液，然后按每100mL琼脂糖溶液中加入5μL溴化乙锭溶液的比例加入溴化乙锭溶液，混匀，稍微冷却后将其倒入电泳板上，室温下凝固成凝胶后，放入TAE缓冲液中。在每个泳道中加入7.5μL的PCR产物(需和上样缓冲液混合)，其中一个泳道中加入DNA分子量标准，接通电源进行电泳。

5．凝胶成像分析(照相)

电泳结束后，将琼脂糖凝胶置于凝胶成像仪上或紫外透射仪上成像。根据DNA分子量标准判断扩增出的目的条带的大小，将电泳结果形成电子文件存档或用照相系统拍照。

6．PCR产物的回收

将100μL PCR反应液与上样缓冲液混合后，加入预制好的含2％琼脂糖凝胶的泳道中，在其中一个泳道中加入DNA分子量标准，接通电源进行电泳。其余步骤按PCR产物回收试剂盒说明进行。