纸色谱法中所用滤纸的性质对分离的质量有很大影响，高质量的滤纸可以得到好的分离结果。色谱用滤纸纸质必须均匀、厚度适当，纤维素的致密度适中，要具有一定的机械强度及纯度，所含金属离子不可太多，灰分不得超过0．01％；保持纸面洁净，避免尘埃或吸附异味，不得被污染及有折痕；滤纸纤维方向在每次试验时要保持一致；色谱用滤纸有一定的参数，如质量、厚度、速度指数等。

中速滤纸最常用，具中等分辨率；快速滤纸由于结构疏松，纸内微孔多，纤维素相对较少，因此每单位体积与纸结合的水相对较少，但可保持较多展开剂，因此物质在纸上移动快，分辨率低，常用于简单化合物的分离；慢速滤纸分辨率虽高，但展开速度过慢，较少用；较厚的滤纸在小量制备时才用。过去常用进口滤纸做纸色谱，目前国产定性滤纸及色谱用滤纸完全可以代替进口滤纸。

不同种类的样品常需选用不同的制样溶剂，样品应尽量溶解在易挥发的有机溶剂中，如乙醇、甲醇、三氯甲烷等。对于极性小的化合物，二氯甲烷和丙酮是方便的制样溶剂。

对复杂体系如中成药和生物样品中某些成分进行分离定量时，首先要将被测成分定量地提取出来，视含量高低稀释或浓缩成一定浓度的样品溶液。必要时，还需对样品提取液用萃取、吸附等方法进行预处理。但多数情况下，样品溶液可直接点样，不必预处理。

不同溶剂对样品的洗脱能力不同，因此点样时样品在原点呈环状扩展，如样品在溶剂中的溶解度很大，原点将呈空心环，称之为点样环形色谱效应，这种效应对直线展开造成不良影响。

因此配制样品溶液时应选择对组分溶解度相对较小的溶剂，以避免由于组分环形扩展造成展开后斑点的畸形，影响峰形及定量结果。