固相萃取作为样品前处理的手段，与传统液一液萃取比较有许多优势，其中之一就是固相萃取技术可以实现自动化。

采用自动化固相萃取系统可以将操作人员从繁琐的样品前处理工作中解放出来，提高工作效率。就一个或一组样品而言，自动化固相萃取系统与手工固相萃取比较，并没有加快速度，因为仪器也要按照固相萃取的步骤一步一步地进行。但采用自动化固相萃取仪，人为的介入大为减少，可以将有限的人力资源用于其他方面。对于人力资源紧张的实验室，增添自动化固相萃取设备无疑是一种解决方案。另外，自动化系统可以24 h不间断地工作，因此可提高每天处理样品的通量。假设萃取一个样品所需的时间为10 min，手工操作每天按8 h计算，大约处理50个样品，一台单通道固相萃取仪按20 h工作计算，可以处理120个样品；一台四通道固相萃取仪可以处理480个样品；一台八通道的固相萃取仪则可以处理960个样品。需要处理的样品越多，就越能够体现自动化的优越陛。

样品前处理的自动化不仅能降低实验室人员的劳动强度、提高样品处理通量，还可以排除人为操作可能出现的错误，提高结果的重现性。由于自动化固相萃取系统是通过电脑软件控制，所有的条件和参数都是预先设定，系统严格按照设定的程序进行工作，因此不会出现手工操作可能产生的各种人为错误。

在固相萃取中，样品及洗脱溶液通过萃取柱的流速对回收率有很大的影响。手工操作多数都是采用负压真空萃取装置，流速难以准确控制。而在自动化固相萃取系统中，液体通过固相萃取柱的流速多是通过正压注射泵控制的(例如：吉尔森GX-271 ASPEC等)，重现性好，最后得到结果的重现性也比手工操作要好。另外，自动化也是规范样品前处理操作的重要手段。因为许多自动化样品前处理系统具有自动记录功能，在仪器运行时按照时间顺序记录仪器的所有动作。例如吉尔森公司的Trilution LH软件的Log档案就是如此，使用者只需在软件中开启Log档案就可以了。

在实验室中，接触的样品可以说是多种多样，有的样品对操作人员是有危险的，例如各种生物样品中的病毒以及未知样品的潜在风险。实验人员接触这些样品越多，风险越大，采用自动化样品前处理系统可以大大减少这些风险。另外，样品前处理通常都要使用各种对人体有害的有机溶液，这对于长期在实验室工作的人员来说是很大的一个潜在的威胁。要最大限度地保护实验人员的身体健康，样品前处理的自动化无疑是一个很好的选择。

目前，市场上有多个品牌的自动固相萃取仪。根据固相萃取装置的类型，自动固相萃取仪也可分为基于固相萃取柱的系统，例如，吉尔森公司(GilsonInc．)生产的ASPEC系列、Caliper公司生产的RapTrrace等；基于固相萃取膜片的系统，例如，Horizon公司生产的SPEDX4700等；以及基于固相萃取吸嘴的系统，例如，吉尔森公司生产的QUAD-Z 215等。另外，许多公司生产的自动液体处理系统也具备简单的固相萃取功能。例如，哈美顿公司生产的Micro-Lab 4000等。另外，还有基于96孔萃取板的Tomtec公司的QUADRA96。

随着固相萃取技术在样品前处理中的使用越来越广泛，自动化固相萃取系统也越来越为实验室工作人员所接受。