优化样品处理通量的工作必须在完成了回收率及干扰物的优化之后进行。首先应该明确优化样品处理通量的目标是什么?如果萃取系统是与分析仪器连接，如HPLC，样品处理的通量就受到色谱运行周期的限制，所以样品固相萃取的通量应该与色谱运行周期匹配。如果采用的是非在线萃取，则样品处理通量通常是越大越好。

液体通过固相萃取柱的流速是影响样品处理通量的主要因素，我们应该首先优化那些花费时间最多的步骤。在许多SPE方法中，样品添加(过柱)和目标化合物的洗脱往往是花费时间最多的两个步骤。因为在这两个步骤中，采用低流速有利于目标化合物的保留(样品添加时)或洗脱。需要指出的是，稍微增加样品添加和洗脱溶液的流速对同蜘率并沿有十分明显的影响．但却可以将整个萃取时间缩短许多，从而达到提高样品处理通量的效果。萃取柱的预处理及洗涤步骤对流速的要求不是很严格，在不影响回收率的前提下，可以尽可能地加快。

自动固相萃取系统不仅能使繁琐的手工操作自动化，降低操作者的劳动强度，而且还可以提高样品前处理的通量，提高分析结果的重现性。自动固相萃取系统不仅可以用于日常检验分析的样品前处理，而且还可以用于建立及优化固相萃取方法。与分析仪器连接后，从样品前处理开始，到得到最后的分析结果，整个过程都可以实现自动化操作。

与其他高精仪器一样，自动化固相萃取系统能否发挥作用，除了仪器本身的性能之外，操作这些系统的人是十分关键的因素。操作者必须熟悉、掌握这些自动化系统才能真正发挥自动化的作用，否则，再先进的仪器设备也只不过是一堆废铁。