当前淮河主要污染源仍以工业污染为主，但生活污染、农业污染等新型污染源不断增多。加之淮河流域的生态用水被挤占，淮河水生态系统正面临日益严重的破坏。

截至今年6月，淮河流域水资源保护局共监督监测重点工业企业入河排污口7044个次，对严重超标的入河排污口及时通报地方环保部门。尽管淮河流域重点入河排污口超标率总体呈下降趋势，但今年上半年，淮河流域重点入河排污口超标率仍为32.4%。

不断增长的城镇生活污水也没有得到有效处理，不少开发区已建成的污水处理厂也没有完全发挥作用。长期关注淮河污染的安徽“绿满江淮环境发展中心”负责人周翔介绍，根据该组织的调查走访，淮河流域污水处理厂已经成为淮河新的污染源。一些地方污水处理厂污染问题频频被环保部门通报，还有一些已建成的污水处理厂因地方管网没有配套，建完后就晒太阳，无法运行。

此外，局部地区重金属等新污染事件有所增多。2008年8月，河南安徽跨省河流大沙河发生砷污染事故；2009年1月和7月，山东江苏跨省河流邳苍分洪道发生两次砷污染事故。这些砷污染事件均为当地化工企业偷排污水所致。淮河流域水资源保护局相关人士介绍，虽然目前淮河流域的水污染主要是有机污染，氨氮、总磷和化学需氧量指标超标较为突出，水体污染的性质没有发生改变，但日益增多的重金属等“隐形污染”需警惕。

当前，淮河流域部分河段生态用水被挤占导致河湖有水无流或干涸萎缩，中小河流水生态系统破坏严重，也是淮河治污中面临的新情况。

持续数十年的污染已经给淮河的水生态和流域百姓生活带来不同程度的危害。2011年，淮委对淮河干流和洪泽湖开展了为期一年的水生态调查监测，完成的健康评估显示，淮河流域一度污染严重，水生生物生境受到破坏，鱼类多样性明显下降。近几年来，随着治淮力度加大，淮河水质逐渐转好，浮游动植物和底栖动物群落逐渐向生态系统新的态势发展，而鱼类作为水生态系统顶级群落，恢复期可能需要更长时间。

此外，淮河流域地表水污染对地下水不可避免产生一定影响。根据对流域内442个重点监测井进行地下水水质监测，区域二类地下水分布面积仅占全区面积的4.5%，三类水面积占19.8%，而四、五类水面积分别占48.2%和27.6%，达七成以上。