由于作为进水的纯水系统的制水速度较慢，因此在纯水系统与超纯水系统之间必须有水箱作为过渡。然而在水箱中贮放纯水会因为材质的溶出、空气中无机物质与有机物质的污染，以及微生物的繁殖等因素造成纯水水质的劣化，进而增加超纯水系统的纯化负荷。为了让超纯水装置有稳定的进水水质，如何使水箱的水质劣化程度控制在最小范围内非常重要。

1）以空气过滤器去除空气中的污染物质

实验室的空气中含有使纯水水质劣化的二氧化碳与浮游微生物，使用有机溶剂实验室空气中则含有挥发性有机溶剂。当空气中的二氧化碳溶解于水中，会形成碳酸根离子，使水箱中纯水的电阻率大幅降低，将造成超纯水系统中阴离子交交换树脂的负荷量增加，而缩短其使用寿命。除此之外，水箱中的纯水若混入微生物与有机物质，也会造成微生物增殖和有机物质的再次污染。因此，纯水水箱应呈密闭状态，因为水箱必须设置通气口使纯水可以顺利的流出，所以为了防止空气中的污染物质透过通气扣、口进入纯水水箱内，加装空气过滤器是不可或缺的。

2）以杀菌用UV灯防止微生物繁殖

水质纯化虽然有不同的方法，但仍有少量微生物残存。只要留存于水箱中，就有繁殖的可能性。虽然纯水中几乎不含营养成分（有机物等），但仍有能适应贫瘠营养环境的微生物存在的可能。所以，在水纯化的过程中，、应该具备杀菌的相关程序。

药剂洗净与热水杀菌，对于纯水中微生物的杀菌效果是单次性的，而非持续性的。相对而言，紫外线照射杀菌法，只要再照射期间，对微生物的杀菌作用就能够持续。紫外线的杀菌能力，以紫外线光强与照射时间来表示。当纯纯水中的微生物受到100mw.s/cm2的照射量处理时，杀菌率就可达99.9%。这里，我们在水纯化过程中加装紫外灯，并对其杀菌效果进行检测。首先我们在纯水系统的水流管路中加装紫外灯，采用连续照射方法，对进行杀菌效果进行检测。

一般来说，水纯化过程中若不使用紫外线照射，纯水系统的细菌数会超过100cfu/ml，而使用紫外线照射的纯水系统，其细菌数可以降至10cfu/ml。也就是说，纯水系统管路中若使用加装紫外灯，对降低细菌数具有非常好的效果。但几天后，就出现了细菌增殖的现象。这是因为，水箱中的细菌的繁殖没有受到抑制，细菌数逐渐增加。因此，对纯水系统中的微生物进行控制时，只对纯化程序中的管线进行紫外线照射是不足的，应同时对水箱中的细菌繁殖进行抑制。