依笔者管见，独立第三方评估存在与运行的难点主要有两个：首先是独立性，其次，是第三方评估。前者是根本性难点，后者只是一个技术性问题。独立性，是独立第三方评估得以存在的最低标准制度配置要求，如果这点不能保证，谈第三方没有任何实际意义。

这点之所以最难，原因有二，其一，当下的制度安排，缺少实质性的对于权力的制衡力量，没有任何力量可以有效制约权力的越界行为，由此，导致第三方赖以存在的独立性基础条件不具备。其二，中国文化从骨子里讲是一种人情文化，它天生就把感性成分置于理性成分之上，以此为恶劣环境下的艰难生存提供一种未来互换补偿机制。时至今日，这种文化也没有改变多少。这两条就决定了独立性在文化层面存在的深层障碍。在表层，独立性难以实现的原因在于经济独立性难以保证，换言之，支持独立性的经济基础在哪里？没有一个稳定的经济来源支撑（或营利模式），任何独立性都是无法持久的，小到个人大到国家，概莫能外。

由于科学与技术产品存在的本质差别，笔者认为，科学领域的评估，具有公共物品的性质，要由国家以预算的形式提供稳定的经济支持；对于技术领域的评估可由市场来决定，因为它的产权比较容易界定。

至于第三方评估，它的目标是评价准确，虽然是一个技术性问题，但也不是谁都有资格来评的。由于学科的高度分化以及研究的深入所带来的知识梯度和门槛问题是无法逾越的，因此，评估必须要由专业人士来完成，它是一项技术活儿。在大科学时代，高质量的评估更是一项稀缺的智力劳动。如果仅仅具有独立性，而没有相应的有资格的人来评，那么，也不会达到我们所渴望的目标：公正与准确。“独立地瞎评”同样是不能接受的。

那些有资格参与评估的人来自哪里呢？笔者曾建议各学科科研人员应该实行动态排名制，这个排名可以把当下最优秀的各领域科技人员基本涵盖进来，从而也为第三方评估提供了有资格的备用人选，这相当于充分利用社会潜在智力资源以弥补机构本身存在的知识短板。实践中如有需要，第三方机构可以从这个排名中随机抽出所需的专业人员。随机原则的运用，避免了潜在的寻租可能性。需要补充的一点是，必须加大评估人员的收益，以此提升抵抗诱惑的阈限。

谁来监督独立的第三方机构呢？很简单，政府、协会与舆论的联合运用，完全可以解决这个问题。它的内在机制在于把独立第三方评估的存在与毁灭与机构的信用绑定，并承担评估结果失误所带来的有限责任。毕竟，独立第三方评估的生命线就是公信力，如果一个机构的公信力丧失了，也就意味它死亡了。