用纯水短时间内冲洗色谱柱，通常不会对色谱柱造成较大的损伤，但如果长时间用水冲洗色谱柱则可能引起固定相流失和相塌陷现象，所以若非必要请尽量避免用纯水冲洗色谱柱，建议在水中加入一定量的甲醇或乙腈进行冲洗，通常水的含量<90%不会对色谱柱造成任何影响。原因分析：

首先，由于目前所用的色谱柱大多以硅胶为基质，硅胶的溶解特点是在纯水中的溶解度比在含有一定浓度有机溶剂的流动相中要大得多，所以长时间的用纯水冲洗会导致固定相的流失，引起柱效下降。其次，对于常规的 C18 柱而言，由于C18 长链与水是不互溶的，C18 长链之间的相互作用力大于C18 与水分子的作用力，长时间的用水冲洗，使得C18 长链之间相互靠近，水流的冲刷，导致相互联结的C18 长链倒伏在硅胶基质的表面，对疏水性物质的保留能力下降，即相塌陷。针对用纯水冲洗容易出现相塌陷的现象，有些厂家推出了纯水柱（如我公司的UltimateTM AQ-C18 柱），这种纯水柱可以用纯水作流动相而不会产生相塌陷，这对只溶于纯水的样品的分析提供了一个很好的选择。

第三，如使用过含缓冲盐的流动相的色谱柱，用纯水冲洗，并一定能将缓冲盐完全洗去。因为，由于缓冲盐难溶于有机溶剂，C18 反相柱中用的填料是在硅胶表面上接上许许多多的C18 长链，相当于一个疏水的有机相，而硅胶基体被有机物质包裹着，所以用纯缓冲盐水溶液做流动相时也许缓冲盐不容易到达硅胶基质，不至损害基体。但所用的流动相通常会含一部分有机溶剂，而且这些有机溶剂与C18长链是互溶的，因此有机溶剂的加入增强了流动相渗入硅胶基质的能力，能使部分缓冲盐达到硅胶基质。同样的道理，用纯水冲洗只能洗掉表面的缓冲盐，而渗入深处的缓冲盐则仍然残留在那里。所以最好在水中加入部分有机溶剂进行冲洗，一般的C18 柱通常用含水20％～90％都可以，含水的比例要视分析时使用的流动相来定，原则上，用于冲洗的流动相中水的比例应该等于或高于（缓冲盐用后清洗的情况，推荐使用“等于”）分析时所用流动相中水的比例。