针对农业面源污染严重的情况，农业部提出了确保在2020年实现“一控两减三基本”的目标。“一控”是指控制农业用水总量和农业水环境污染，到2020年确保农业灌溉用水量保持在3720亿立方米，农田灌溉水有效利用系数提升到0.55。

“两减”是指，减少化肥和农药使用量，化肥、农药利用率均达到40%以上，全国主要农作物化肥、农药使用量实现零增长;“三基本”即，畜禽粪污、农膜、农作物秸秆基本得到资源化利用和无害化处理，确保规模畜禽养殖场(小区)配套建设废弃物处理实施比例达75%以上，秸秆综合利用率达85%以上，农膜回收率达80%以上。

为完成上述目标，农业部在13日颁布的《农业部关于打好农业面源污染防治攻坚战的实施意见》中明确了重点防治任务，包括实施化肥零增长行动;实施农药零增长行动;深入开展秸秆资源化利用;大力发展节水农业;推进养殖污染防治;着力解决农田残膜污染以及实施耕地重金属污染治理。