制备色谱是分离、收集一种或多种色谱纯组分，供进一步使用。与分析分离的区别是色谱柱尺寸、柱容量更大。评价制备色谱方法的主要指标是：(1)最大允许分离试样体积或量（色谱柱负荷）;(2)单位时间内分离纯物质的量，即产率；(3)淋洗溶剂量或试样在分离中的稀释度。

一般实验室通用色谱仪可进行半制备分离，柱内径≤10mm，色谱操作条件与分析分离大致相同，制备量在0.1-25mg范围。专用制备色谱仪设备与分析为主的通用型色谱仪结构、操作技术差别较大。其输液泵流量2-100mL·min-1；制备柱内径10-100mm，长25-100cm，填充固定相粒径10-40μm,重25-1000g。小内径制备柱可采用匀浆高压装柱，大内径多为径向压缩柱，采用真空抽吸和床层压缩相结合的装柱技术。自动进样器允许最大进样量20-100mL。检测器灵敏度要求不高，如示差折光或短光程（如1mm）的紫外检测器，亦可采取柱后分流，以适应高浓度试样检测。检测器后有试样馏分自动收集器。进样和馏分收集均由计算机程序控制，可实现全自动化制备分离。一次分离制备试样量0.1一100g。

影响制备色谱产率的主要因素有：(1)产率随柱长、柱内径、柱效升高而增加，但不成线性关系。制备柱一般比分析柱长。增大柱内径比增加柱长更有效，但柱内径增大，流动相溶剂消耗和试样稀释度增加。(2)比较获得相同产率使用粗（25-40μm）或细（≤10μm）不同颗粒填料，操作条件各有优缺点。小粒径填料与小内径柱（≤10mm）匹配，其柱效高，需柱长短，填料用量少，柱前压高，溶剂消耗量低，试样稀释度小；大粒径填料与大内径柱（>10mm）匹配，其柱长长，填料用量大，柱前压低，溶剂消耗量大，试样稀释度大。一般选用制备柱内径较大，较大粒径填料以降低分离成本。(3）制备分离的目标组分要求有比较高的分离选择性。值，可允许较大进样量。(4)制备色谱经常在柱超负荷条件下操作，一般适当降低进样浓度，保持在线性分布范围，用增加进样体积提高进样量以提高产率。应选择与流动相互溶的溶剂制备试样溶液。(5)以硅胶为填料的正相色谱通常是制备分离首选方法，低沸点有机溶剂易于回收，具有成本低的优点。但对各种特殊分离，如对映体、蛋白质等需采用手性、弱疏水性填料。制备色谱广泛用于天然产物、生物技术、药物等领域生物活性物质制备分离；亦是化学化工、生物医药、环境科学等未知样和高纯标准试样制备的主要技术手段。