从前面介绍的各种破碎方法来看，没有一种十全十美的破碎方法，每种方法都有其自身的局限性。在实际工作中，应当根据材料的特性和目的蛋白的理化特性，选用一种或多种破碎方法，以达到最佳破碎效果。

(1) 多种破碎方法联用化学法与酶法的破碎效果直接取决子细胞壁的化学组成，机械法的破碎效果则取决于细胞结构的机械强度，而化学组成又决定了结构的机械强度，组成的变化必然会影响到强度的差异，所以将化学法或酶法与机械法联用，会大大提高细胞破碎的效果。

(2）与上游过程相结合在发酵培养过程中，培养基、生长期、操作参数（如pH、温度、通气量、稀释率）等因素对细胞破碎都有直接的影响。另一方面，用基因工程的方法对菌种进行适当的改造，也有利于细胞破碎，例如，在细胞内引入噬菌体基因，控制一定的条件（如温度），细胞自内向外溶解，释放出内含物；让产物以包涵体的形式表达、或以耐高温产物的形式表达，则可供选择的细胞破碎条件可以变宽。

(3）与下游过程相结合细胞破碎与固一液分离紧密相关，对于可溶性产物来说，细胞碎片必须除净，否则会堵塞层析柱或超滤膜，缩短设备的使用寿命。因此，必须从后分离过程的整体角度来看待细胞破碎操作，进行整体的集成、优化，才能获得最佳的细胞破碎效果。