PCR反应的特异性决定因素为：

①引物与模板DNA正确的结合；

②碱基配对原则；

③ Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；

④靶基因的特异性与保守性。

其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及Taq DNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶基因区，其特异性程度就更高。

灵敏度高PCR产物的生成量是以指数方式增加的，能将皮克(pg=10-12g）量级的起始待测模板扩增到微克（μg=10-6g）水平。能从100万个细胞中检出一个靶细胞；在病毒的检测中，PCR的灵敏度可达3个RFU（空斑形成单位）；在细菌学中最小检出率为3个细菌。

简便、快速PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶，一次性地将反应液加好后，即在DNA扩增仪上进行变性一退火一延伸反应，一般在2 -4h内完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析，不一定要用同位素，无放射性污染、易推广。