PCR产物分析对标本的纯度要求低，不需要分离病毒或细菌及培养细胞，DNA粗制品及总RNA均可作为扩增模板。可直接用临床标本如血液、体腔液、洗漱液、毛发、细胞、活组织等粗制的DNA扩增检测。PCR产物是否为特异性扩增，其结果是否准确可靠，必须进行严格的分析与鉴定，才能得出正确的结论。PCR产物的分析，可依据研究对象和目的不同而采用不同的分析方法。

1) 凝胶电泳分析：PCR产物电泳，EB（溴乙啶）染色，紫外仪下观察，初步判断产物的特异性。PCR产物片段的大小应与预计的一致，特别是多重PCR，应用多对引物，其产物片段都应符合预计的大小，这是起码条件。琼脂糖凝胶电泳：通常应用1％-2％的琼脂糖凝胶，供检测用；聚丙烯酰胺凝胶电泳：6％-10%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离效果比琼脂糖好，条带比较集中，可用于科研及检测分析。

2) 酶切分析：根据PCR产物中限制性内切酶的位点，用相应的酶切、电泳分离后，获得符合理论的片段，此法既能进行产物的鉴定，又能对靶基因分型，还能进行变异性研究。

3）分子杂交：分子杂交是检测PCR产物特异性的有力证据，也是检测PCR产物碱基突变的有效方法。Southern印迹杂交：在两引物之间另合成一条寡核苷酸链（内部寡核苷酸）标记后做探针，与PCR产物杂交。此法既可作特异性鉴定，又可以提高检测PCR产物的灵敏度，还可知其分子量及条带形状，主要用于科研；斑点杂交：将PCR产物点在硝酸纤维素膜或尼膜薄膜上，再用内部寡核苷酸探针杂交，观察有无着色斑点，主要用于PCR产物特异性鉴定及变异分析。

4）核酸序列分析：是检测PCR产物特异性的最可靠方法。

PCR产物电泳：将1-10μl PCR产物，与适量的上样缓冲液充分混匀后进行电泳。一般电流为l0mA、电压100V，电泳30min。电泳结束后，在紫外灯下观察，满意的结果可进行扫描打印。