(1）RNAi目标序列的选取原则

1) 从转录体（mRNA）的AUG起始密码开始，寻找“AA”二联序列，并记下其3’端的19个碱基序列，作为潜在的siRNA靶位点。有研究结果显示，GC含量在45％-55％的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效。

2) Tuschl等建议，在设计sIRNA时，不要针对5’和3’端的非编码区（untranslated regions, UTRs )，原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域，而这些UTR结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响sIRNA核酸内切酶复合物结合mRNA，从而影响siRNA的效果。

3）将潜在的序列和相应的基因组数据进行比较，排除那些和其他编码序列同源的序列。

4）选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的siRNA，以找到最有效的sIRNA序列。

(2）阴性对照一个完整的sIRNA实验应该有阴性对照，作为阴性对照的siRNA应该和选中的sIRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性。通常的做法是将选中的siRNA序列打乱，同样要检查结果以保证它和目的靶细胞中其他基因没有同源性。