大部分蛋白质都可溶于水、稀盐溶液、稀酸或碱，少数与脂类结合的蛋白质则溶于乙醇、丙酮、丁醇等有机溶剂中。因此，可采用不同溶剂提取分离和纯化蛋白质。

(1) 水溶液提取法：稀盐和缓冲系统的水溶液，对蛋白质稳定性好、溶解度大，是提取蛋白质最常用的溶剂，通常用量是原材料体积的1 -5倍，提取时需要均匀地搅拌，以利于蛋白质的溶解。为了避免蛋白质提取过程中的降解，可加入蛋白水解酶抑制剂（如二异丙基氟磷酸或碘乙酸等）。蛋白质是具有等电点的两性电解质，提取液的pH应选择在偏离等电点两侧的pH范围内。用稀酸或稀碱提取时，应防止过酸或过碱而引起蛋白质可解离基团发生变化，从而导致蛋白质构象的不可逆变化。一般来说，碱性蛋白质用偏酸性的提取液提取，而酸性蛋白质则用偏碱性的提取液。在提取液中加入少量氯化钠等中性盐，可促进蛋白质的溶解，同时稀盐溶液因盐离子与蛋白质部分结合，保护蛋白质不易变性，一般以 0. 15 mol/L浓度为宜。缓冲液常采用0.02-0. 05 mol/L的磷酸盐和碳酸盐等渗盐溶液。

(2）有机溶剂提取法：一些和脂质结合比较牢固或分子中非极性侧链较多的蛋白质，不溶于水、稀盐溶液、稀酸或稀碱中，可用乙醇、丙酮和丁醇等有机溶剂，但必须在低温下操作。丁醇提取法对提取一些与脂质结合紧密的蛋白质和酶特别适宜。另外，丁醇提取法的pH及温度选择范围较广，也适用于动植物及微生物材料。