二维聚丙烯酰胺凝胶(2D-PAGE）电泳仍然是分离大量蛋白质最有效的方法。但是，对于质谱分析而言，2D-PAGE并非总是必需的，尤其是对于某些膜蛋白、具有较高PI的蛋白和溶解度较差不能进入2D-PAGE第一相的蛋白质。实际上，根据MS鉴定混合蛋白质的能力，在许多情况下用1D-SDS-PAGE胶就能够满足要求，有时对于复杂蛋白质样品如细胞器的蛋白质组的鉴定甚至是非常有利的。根据样品分子量的大小配制成合适浓度的SDS-PAGE凝胶。上样完毕后电泳，然后染色。

（1) 胶体考马斯亮蓝染色方案

1) 在2%醋酸／40％乙醇(V/V）中固定胶1h，在此过程中一定要注意避免污染胶的表面。

2）用5倍的水稀释胶体考马斯亮蓝浓缩液，混匀配成50ml的溶液，取出loml溶液，再加入l 0ml甲醇。染色至少1h后可得到初步的结果，而过夜染色可得到更理想的结果。

3）染色后的胶用5%醋酸／25％乙醇溶液简单地冲洗，然后在25％甲醇溶液中脱色不超过lh。

4）最后把胶置于水中，在4℃下，胶至少可保存几天以备下一步的质谱分析。

(2）银染方案

1) 50％乙醇/5％醋酸溶液中，固定胶1 h。

2）再用50％甲醇，过夜浸泡洗胶。

3）用水洗胶3×10min去除残余酸。

4）在0. 02% (W/V）的硫代硫酸钠中，浸泡2 ×15min增敏。

5）用冷水洗3×10min。

6）室温下浸没在1％的冷硝酸银溶液中1-1. 5h。

7）用水洗2×l min除去硝酸银。

8)在含0.04％甲醛的2％碳酸钠溶液中展开，当溶液变黄以后除去展开剂，并用新鲜的溶液代替，让胶继续展开。

9）去除展开剂，并用5%醋酸洗胶，保存胶于1%醋酸溶液中。