国家药品监督管理局成立后，原中国药品认证委员会受理的GMP认证企业和原国家医药管理局受理的GMP达标企业，按照新版GMP要求重新申报认证。此外，认证工作的主要变化还有：

(1)自愿性认证改为强制性认证。

(2)由原来的国家一级认证改为国家和省二级认证，即国家药品监督管理局负责生产注射剂、放射性药品、部分生物制品的药品生产企业的认证工作，其他剂型生产企业的认证工作均由省级药监部门负责。

(3)调整《药品生产许可证》、产品批准文号（包括《进口药品注册证》）与GMP认证的顺序关系，核发《药品生产许可证》的具体标准就是GMP。

(4)GMP认证不再有静态认证，取消“药品GMP准认证证书”，不再有一年有效期的“药品GMP认证证书”。

(5)不再受理药品品种认证，改为药品生产企业（车间）认证，按剂型申报。

(6)认证检查时不再现场抽样检验。

(7）取得“药品GMP证书”企业的日常监管工作，由原中国药品认证委员会负责改为由省级药品监督管理局负责。

(8)分步实施GMP认证：生产血液制品、粉针剂和大容量注射剂、小容量注射剂企业，应分别按规定的1998年12月31日、2000年12月31日、2002年12月31日前，取得该剂型或类别“药品GMP证书”。生产其他剂型、类别药品的企业，在2004年7月1日前，取得相应剂型或类别“药品GMP证书”。

(9）医用氧和中药饮片生产实施GMP管理，在GMP认证中将实施计算机管理，对计算机系统提出验证的要求。

(10）对最后认证检查标准进行修订，凡开办药品生产企业或原有企业新增剂型、改扩建车间都必须符合GMP要求。GMP是药品生产的基本条件和准则，对GMP附录进行修订，推行CGMP（CurrentGMP)。