水中粪大肠菌群是总大肠菌群中的一部分，主要来自粪便。在44.5℃温度下能生长并发酵乳糖产酸产气的大肠菌群称为粪大肠菌群。城市污水既包括人们的生活排出的洗浴、粪尿，也包括公共设施排出的废水，如医院废水、工业废水等。这些污、废水都有可能带来大量的病毒和致病菌。由于病菌类别多样，对每一种病菌进行分析又十分复杂，因此通常采用最有代表性的粪大肠菌群指标反映水的卫生质量。

测定水中总大肠菌群的国家标准方法有多管发酵法和滤膜法。