CE发展初期，这一技术的广泛应用与深入发展所面临的主要挑战是高灵敏度与多模式检测器的发展。的确，为了适应CE微体积柱上检测的需要，发展了许多类型的检测器。有光学、电化学及质谱检测器等。

在众多的CE检测器中，紫外一可见检测器已趋成熟，所有商品CE仪器都配有，是最普遍使用的一种检测器。激光诱导荧光检测器、质谱检测器接口也已商品化。

（一）紫外吸收检测器

紫外可见光吸收检测器应用最广，它又可以分为两种：一种是固定波长检测器，其结构简单，灵敏度较高，可满足痕量和杂质分析的要求；另一种是波长扫描检测器，它能提供时间一波长一吸光度三维图谱，既可用来定性鉴别未知物，还可进行在线峰纯度检测，即在分离过程中可得知每个峰含几种物质。

（二）荧光法

荧光检测，特别是激光诱导荧光检测器（laser-inducedfluorescence,LIF)是毛细管电泳检测方法中最灵敏的方法，其灵敏度比紫外吸收检测器高1000倍以上。柱上荧光检测的优点尽管可获得很低的检出限，但由于许多化合物并不能发生荧光，不能直接使用荧光检测，因此它的通用性要比紫外吸收检测差。借助于衍生或标记技术，对不发荧光的试样进行标记，可实现对试样组分的荧光检测。

（三）电化学检测器

目前，CE电化学检测主要有三种基本模式：安培法、电导法和电位法。

安培检测的原理是在电极间施加电压后，当被分离的电活性物质流经电极表面时，由于溶液与电极间有电势差，电活性物质就要得到或失去电子，被还原或氧化，因此，溶液和电极间发生电荷转移，形成电流，该电流符合法拉第定律。记录电流随时间的变化，得到电泳谱图。

电导检测器是将两电极如铂丝封入毛细管柱检测位置的两侧，并使电极相对，当极间施加一稳定的直流电压，测量其电流，并由欧姆定律直接计算得出电阻，进而求得电导。当分离组分区带通过铂电极时，电导率发生变化而被检出。电导检测一般被用于无机阴、阳离子或竣酸根离子的检测。这种检测器的优点是制作简单，主要缺点是基线漂移，检出限相对偏高。

电位法检测的原理是基于电极电势的能斯特关系式，当电泳组分区带经过时，将引起电势的变化，记录其随时间的曲线即得到电泳图谱。电位法简单，测量的线性范围宽，尤其是离子选择性电极分析方法已获得了长足的发展，利用离子选择电极可以同时检测较多的离子，但电位法检测的重现性较差。

电化学检测因其固有的弱点，如稳定性和重现性相对较差，操作难度大等，使得这项技术主要被电化学工作者所掌握，应用对象仅局限在电活性物质等，难以推广开来。

（四）质谱检测器

质谱法（massspectrometry,MS)灵敏度高，专属性强，能提供分子结构信息，是CE非常理想的一种检测器。CE高效分离与MS的高鉴定能力相结合，使得能用nl级样品进行分子结构分析和相对分子质量的准确测定，成为微量生物样品分离分析的强有力工具。近年来，愈来愈受到人们的关注，特别是在多肽和蛋白质的分离分析中发挥重要作用。