微生物是一个总称，特点是个体小、分布广、繁殖快。个体一般只有零点几微米到几微米，需要借助显微镜才能看得见。全部生物按照细胞核结构和细胞器分化的差异，分为原核生物和真核生物。原核生物是具有原核细胞的生物。原核细胞的核发育不完全，只有一个核物质高度集中的核区，不具核膜，核物质裸露，与细胞质没有明显的界限，没有分化的特异的细胞器，只有膜体系的不规则泡沫结构，不进行有丝分裂。原核生物包括细菌、放线菌、蓝绿细菌、立克次体、黏细菌、螺旋体、支原体以及衣原体。

真核生物是具有真核细胞的生物。真核细胞内有发育完好的细胞核，具有核膜，并且细胞核和细胞质具有明显的界限。真核细胞具有高度分化的特异细胞器，进行有丝分裂。真核生物包括酵母菌、霉菌、除了蓝藻以外的藻类、原生动物、高等和低等动物以及高等和低等植物。

在环境工业上采用的修复微生物主要是原核生物—细菌，有时也用藻类。