修复微生物在使用之前要进行驯化，使之适应于吸附过程中可能对细菌不利的工艺条件或对于细菌具有毒害作用的物质成分。驯化的办法是逐渐变化不利因素强度之后对细菌进行转移培养，在驯化过程中，那些对新环境不适应的细菌受到抑制或死亡，而某些活力较强的细菌会通过变异等途径，演变成耐受性更强的细菌而活下来，形成对新环境具有耐性的菌株。例如培养细菌耐砷的能力的方法是：首先在装有一定体积培养基的三角瓶中加入较低浓度的砷离子，然后接种入要驯化的细菌进行培养，开始时细菌不适应，要较长时间才能生长繁殖，待细菌适应于此浓度砷的环境开始正常生长后，将它转移到含更高浓度砷的培养基中继续培养。依此类推，每转移一次都提高砷的浓度，经过多次逐渐加大砷的浓度的转移培养，就可以获得对砷具有较强耐受力的菌株。据报道，国外有人通过驯化获得了可耐受25g/L砷的菌株。