取50-250mL细口玻瓶，洗净并配好胶塞，用牛皮纸包好瓶口，置于120℃烘箱灭菌20min，冷却后即可用作细菌采集瓶，带采集瓶到需修复的水样中。取样时首先将牛皮纸取下，用一只手拔去瓶塞，另一只手持瓶接取或舀取水样，水样不能装满，须留一定空间存空气。取好样后立即盖好瓶塞并用牛皮纸包好瓶口，带回实验室。

在实验室将配好的细菌培养基用蒸汽灭菌15min，然后在无菌操作条件下将培养基分装于数个洗净并无菌的100mL三角瓶中，每瓶装25mL培养基，然后用洗净干燥的吸液管取1-5mL水样加到各三角瓶中，塞好棉塞放在20-35℃恒温件下静置或振荡培养7-10d。由瓶中取1mL培养液，接种到装有新培养基的三角瓶中同样培养，至少10次以上，每转移一次接种量逐渐减少，只需1-2滴就可以，在转移培养中，借助培养基的高酸度，可杀死淘汰掉一些不耐酸的杂菌。

用上述方法得到的细菌可能是不纯的，如要分离纯菌种，要做平板分离。但一般生产中使用，不需要纯菌种。菌种培养好后，要放在冰箱（<4℃）中保存，过一定时间还要取出来重新转移培养，如用加入重金属的培养基保存，可在室温条件下每4-6个月转移一次即可。

平板分离的目的是获得从单一细胞培养出来的纯菌株。方法是将固体培养基熔化倒入培养皿制成平板，然后在无菌条件下，用接种环取上述培养菌液在平板上划线，使所取菌液中的菌体细胞尽量沿划线分散开，然后将划好线的培养皿在20-35℃条件下恒温培养，经10d左右就可看到单个菌株长成的很小的菌落，挑选适当菌落用取样针移到装有数毫升培养基的小试管中恒温培养，一般培养7d左右即可。将此培养液重新在固体培养基上划线培养，如此反复数次分离与培养，就可获得纯菌株。将这些由单一菌落来的培养物分别进行鉴定，具体做法可参见《微生物手册》。

菌种驯化培养好以后，置于冰箱（<4℃）保存，但隔一段时间须重新转移培养。工业生产用菌需在专门设备中大量培养。