肠球菌（Enterococcus）是一类革兰氏阳性球菌，兼性厌氧，无芽抱和荚膜，可分解胆汁七叶昔的细菌，是评估食品、水、食品加工设备、食品生产环境等卫生状况的指标菌之一。在细菌分类学上，肠球菌属早期并不存在，现今主要依据Facklam和Collins于1989年的分类而成属，肠球菌属内包括十二个种及一个变异株，它们是：粪肠球菌（E.faecalis),屎肠球菌（E.faecium)、鸟肠球菌（E.avium)、酪黄肠球菌（E.casseliflavus)、坚忍肠球菌（E.durans)、鸡肠球菌（E.galinarum)、地肠球菌（E.mundii)、恶臭肠球菌(E.maladoratum)、希拉肠球菌（E.hirae)、孤立肠球菌（E.solitarius)、棉籽糖肠球菌(E.raffinosus)、假鸟肠球菌（E.pseudoavium)、粪肠球变异株（E.faecalisvar).

粪肠球菌为该属中最常见，为代表种。该属通常指粪便来的可以用氮钠分离鉴定的一群革兰氏阳性球菌。由于肠球菌的菌种均含有Lancefield的D群抗原，亦称D群粪肠球菌或D群肠球菌。肠球菌的DNA G+C含量为33%-39%。