一、指示生物评价法

水污染指示生物通常是指在一定水质条件下生存，对水体环境质量的变化反应敏感而被用来监测和评价水体污染状况的水生生物。20世纪德国科学家Kolkwitz和Marsson提出污染指示生物学说，将一些水生生物划分为四个指示等级：os：贫营养型；β-ms：中营养型；a-ms～β-ms：中富营养型；a-MS：富营养型。一般说来，贫营养型湖泊中的浮游植物以金藻、黄藻类为主，中营养型湖泊中常以甲藻、隐藻、硅藻类占优势，富营养型湖泊则常以绿藻、蓝藻类占优势。但是这种单一指标的评价在实际应用当中，显示出其片面性与局限性。原因就是影响水体中指示生物的因子很多，各种藻类对营养因子和其他环境条件的变化有一定的适应能力，有时同一指示物种可以反映不同的营养类型，因而在评价时不要仅根据藻类指示种甚至某一个指示种就作出判断，应从整个藻类群落的角度考虑，还应结合其他评价指标综合考虑。

二、指示群落评价法

指示群落评价法是用水生生物群落的组成来评价水体污染状况的方法。浮游植物的种群结构和污染指示种是水质评价中的重要参数，在环境条件相对稳定的状况下，它们处于动态平衡的状态；一旦污染物进入到水环境当中，一些敏感性强、生态位较窄的种群会减少甚至消失，而那些适应性强、有着较广营养生态位的种群则会继续生存，甚至碰到有利于其生长的污染物而产生爆发性增长，这必然改变了原来生态系统中种群的种类、数量、多样性、稳定性、生产力及生理状况，反之这种优势种群和群落结构特征的变化也在一定程度上反映出环境条件的改变和水质变化的程度，水环境监测就是利用这些变化来评价水环境质量的变化。到20世纪90年代，有研究提出利用指示性浮游植物群落划分污染等级的标准：蓝藻门占70％以上，耐污种大量出现的为多污带；蓝藻门占60％左右，藻类种数较多为a-中污带；硅藻门及绿藻门为优势类群，各占30％左右为β-污带；硅藻门为优势类群，占60％以上为寡污带，这一标准在国内很多研究中被广泛应用。

三、指数分析法

浮游生物的种群和群落结构会随着水质的污染程度而变化，对此现象一些专家学者经过不断研究，促使这种变化数量化，并与水质状况产生相对应的关系，由此衍生出一系列指数分析方法，主要包括生物指数、多样性指数和生物完整性指数三类。