有许多因素可影响消毒灭菌效果：

一、微生物的种类

微生物对消毒灭菌的敏感性由高到低排序大致如下：真菌二细菌繁殖体、有包膜病毒、无包膜病毒、分枝杆菌、细菌芽胞。然而，不同种或同种不同株间微生物的内在抗性相差也很大，从一种微生物得到的灭活数据不能推导到另一种微生物。

二、微生物的物理状态

消毒灭菌前微生物的生长情况显著影响它们的抵抗力。在营养缺陷条件下生长的微生物比在营养丰富的情况下生长的微生物具有更强的抵抗力。细菌繁殖体的抵抗力从生长期开始直到对数期的后期通常较强，自稳定期才开始不规则地下降。

三、微生物的数量

微生物的数量越大，所需消毒的时间就越长。消毒灭菌前严格的洗涤和清洁是保证消毒灭菌成功的基本步骤，否则，就必须延长消毒剂作用时间或提高浓度以增强其杀灭微生物的能力。

四、消毒剂的性质、浓度与作用时间

各种消毒剂的理化性质不同，对微生物的作用大小各异。例如表面活性剂对革兰阳性菌的杀灭效果比对革兰阴性菌好，而且一般只对细菌繁殖体有作用，不能杀灭细菌芽胞和真菌。同一种消毒剂浓度不同，其消毒效果也不同。绝大多数消毒剂在高浓度时杀菌作用强大，当降至一定浓度时只有抑菌作用。但醇类例外，70％乙醇或50％～80％异丙醇的消毒效果最好，因过高浓度的醇类使菌体蛋白质迅速脱水凝固，影响了醇类继续向内部渗入，减弱了杀菌效果。消毒剂在一定浓度下，对细菌作用时间越长，消毒效果也越好。

五、温度

消毒剂的杀菌实质上是化学反应，其反应速度随温度升高而加快。因此，温度升高可增强消毒效果。例如2％戊二醛杀灭每毫升含104个炭疽芽胞杆菌的芽胞时，20℃时需15 min, 40℃时需2 min, 56℃时仅1 min即可。又如温度增高10 ℃，含氯消毒剂的杀菌时间减少50％～65％。

六、酸碱度

消毒剂的杀菌作用受酸碱度的影响。例如戊二醛本身呈酸性，其水溶液呈弱酸性，不具有杀死芽胞的作用，只有在加入碳酸氢钠后才发挥杀菌作用。苯扎溴铵的杀菌作用是pH值越低，杀菌所需药物浓度越高，在pH3时所需的杀菌浓度较pH9时要高10倍左右。含氯消毒剂在酸性条件下杀菌活性最高。

七、有机物

环境中有机物的存在，能够显著影响消毒剂的效果。病原菌常随同排泄物、分泌物一起存在，如脓、痰、血液和尿中的有机物可阻碍消毒剂和病原菌结合，并消耗药品，因而减弱了消毒效果。此外，肥皂、去垢剂或其他消毒剂也会影响消毒剂的效果。