对水环境进行生物监测的主要目的是了解污染对水生生物的危害状况，判别和测定水体污染的类型和程度，为制定控制污染措施，使水环境生态系统保持平衡提供依据。

水环境生物监测的监测断面和采样点的布设，也应在对监测区域的自然环境和社会环境进行调查研究的基础上，遵循监测断面要有代表性，尽可能与物理和化学监测断面相一致，并考虑水环境的整体性、监测工作的连续性和经济性等原则。对于河流，应根据其流经区域的长度，至少设上(对照)、中(控制)、下(削减)游三个断面；采样点数视断面宽、水深、生物分布特点等确定。对于湖泊、水库，一般应在入湖(库)区、中心区、出口区、最深水区、清洁区等处设监测断面。对于海洋，监测站点应覆盖或代表监测海域，以最少数量监测站点满足监测目的需要和统计学要求；监测站点应考虑监测海域的功能区划和水动力状况，尽可能避开污染源；除特殊需要(因地形、水深和监测目标所限制)外，可结合水质或沉积物，采用网格式或断面等方式布设监测站点；开阔海区，监测站点可适当减少，半封闭或封闭海区，监测站点可适当增加；监测站点一经确定，不应随意更改，不同监测航次的监测站点应保持不变。

在我国《水环境监测规范》、《水和废水监测分析方法》(第四版)和《中国环境监测技术路线研究》中，对河流、湖泊、水库等淡水环境的生物监测的监测断面布设原则和方法、采样时间和频率、样品的采集和保存，以及监测项目和方法都作了规定。在《近岸海域环境监测规范》中也规定了海洋生物监测的站点布设、监测时间与频率、监测项目、样品的采集与管理及分析方法等相关内容。河流、湖泊、水库、城市水体、近岸海域等水环境生物监测项目和频率见表6-1。

表6-1水环境生物监测项目和频率

按照规定的方法布点、采样、检测，获得各生物类群的种类和数量等数据后，可采用相应的方法评价水环境污染状况。

水环境生物监测，以生物群落监测为主，针对不同的水体和监测的目的，采用不同的监测指标和方法。河流监测指标以底栖动物和大肠菌群监测为主，结合着生生物监测和浮游植物监测进行分析评价，河流水质评价采用Shannon多样性指数。湖泊、水库主要监视其富营养化情况，监测指标以叶绿素a、浮游植物为主要指标，结合底栖动物的种类、数量和大肠菌群进行分析。湖泊水质评价方法采用①Shannon多样性指数；②Margalef多样性指数；③藻类密度标准(湖泊富营养化评价标准)。

海洋生物监测可采用浮游植物、浮游动物及底栖生物的种类组成(特别是优势种分布)、种类多样性、均匀度和丰度，以及栖息密度等作为评价参数。海洋浮游生物、底栖生物用Shannon多样性指数法、描述法和指示生物法，定量或定性评价海域环境对海洋浮游生物、底栖生物的影响程度。