在某些情况下，CE仅有电迁移过程，而在另一些情况下可能仅为色谱过程，有人干脆把“CE”称之为毛细管电分离法(CES)。不过，“CE”仍然是目前最广泛使用的名称。但具体到某一种分离模式，其名称和归类则有时并不统一。主要是因为在CE中电泳过程和色谱过程之间的界限已不明显，CE的很多分离类型包含了色谱的分离机理，把一种模式简单地称为电泳或色谱都不能完全反映出实际分离过程的特点。

CE的多种分离模式以及与HPLC不同的分离机理，使其不仅能省时、低耗、高效能地分离分析HPLC颇胜任的中小分子，而且在包括生物大分子、蛋白、手性异构体在内的组分上具有独到的优点。在选择性方面，二者又有很大程度的互补性，将来CE有望取代部分HPLC、TLC方法。由于其分辨率高、分离效率好，有较强的抗污染能力,待所需成分出峰后，对于那些迁移时间较长的无用成分或“脏物”可一次快速冲出,很快进入下一次进样分析，有时甚至可以省去一些前处理，直接进样。

和HPLC相比，CE的特点是：①用迁移时间取代HPLC的保留时间，分离速度快，分析时间通常不超过30min；②理论板数高，一般达10⁵～10⁶／m，对扩散系数小的生物大分子，其柱效可达10⁷／m；③所需样品量少，一般为1-50μ1；④溶剂消耗少，且大多数情况均在水溶性介质中进行，可减少环境污染，并可用低于200nm的波长检测，适用于测定分子中不带生色基团的化合物，提高检测灵敏度；⑤具有很大的分离选择性，从离子到中性分子，小分子到大分子物质，特别是手性化合物、糖肽等
都能得到有效的分离，而要达到同样的目的，用HPLC法就要消耗价格昂贵的色谱柱和有机试剂。但是，CE因采用柱上检测，光径长度短，线性范围和重现性均不如HPLC法，精确定量方面在一定程度上限制了它的使用。

与传统的电泳法相比，CE突出的优点是：①由于毛细管具有良好的散热效能，可以采用比一般电泳高上0～100倍甚至更高的电压，使分离操作在很短时间内完成，并达到很高的分辨率；②可用紫外、荧光等多种检测器在柱上直接检测，经色谱处理系统得到各组分的分离图谱，进行定性和定量分析，不必像常规电泳法，必须将支持介质从电泳槽中取出进行染色或紫外扫描；③定量分析的精度优于常规电泳法；④自动化程度比常规电泳法高。CE的缺点是不能像平板电泳法那样，一次实验可同时分离多个样品。

基于CE法具有快速、高分辨率、高灵敏度和样品用量少、成本低等优良特性，在生物大分子药物、手性药物拆分、复方制剂特别是中成药有效成分的分离和分析，以及药物中有关杂质检测等方面必将得到更为广泛的应用，成为HPLC分析法的重要补充。