有许多因素影响ESI，从而影响样品离子的信号。

①样品的pKa值和溶液的pH值 能否观测到样品离子首先取决于样品在喷雾溶液中是否已预先形成离子，这取决于样品的pKa值。在低pH值有利于分子的质子化，提高pH值导致灵敏度和分子所带的电荷的数目下降，在碱性溶液中则观测不到正离子的信号。因此，在正离子检测中，溶液pH值应较低，可用乙酸、三氟乙酸(TFA)调节，溶液pH值通常应至少低于样品的pKa个单位。在负离子检测中，溶液pH值应较高，可用氨水调节，使溶液pH值较样品pKa高2个单位。

②溶剂的性质 适用于ESI的溶剂应能使样品在溶液中形成离子；具较低的溶剂化能有利于离子蒸发；有较低的黏度和表面张力以利雾化；热容量较低易于去溶剂化。

ESI常用的溶剂有醇类、乙腈、丙酮、水等。常用混合溶剂及添加剂，如甲酸、乙酸、氨及挥发性缓冲剂。

③去溶剂时干燥气体的温度与流速应保持较高的温度(如350℃)及流速(如10 L／min)以利去除溶剂(尤其是溶剂中水的比例高时)，过高的温度可能会使样品分解。

(3)生物分子的ESI—MS

④正离子质谱在ESI—MS中，多肽及蛋白质得到的主要是多质子化的分子，一般没有碎片离子。分子中可以质子化的位点的数目是影响ESI—MS观测到的多电荷离子的主要因素。对于大多数化合物，在水溶液pH<4时，最大的电荷数和碱性氨基酸残基的数目问存在近乎线性的关系。

由于分析时所用的溶剂和添加剂的不同，观测到的分子离子种类(molecular ionspecies)有MH+、[M+Na]+、[M+K]+和[M+NH4]+、[M+x]+，X为溶剂或缓冲剂阳离子；在高浓度时，有[2M+H]+、[M+H+s]+，S为溶剂分子。

②蛋白质分子量的测定对于蛋白质的正离子ESI—MS，测定其分子量(M)是基于两个假定：系列中相邻峰值相差1个电荷；电荷是由于阳离子的加成(通常为质子)所致。

采用一种称为deconvolution的计算程序，由多电荷离子系列的质荷比计算供试品的分子量，利用多电荷离子系列的形成，就可以用质荷比范围和分辨率有限的常规质谱仪(如四极质谱仪)，研究高分子量的蛋白质。

如用ESI—FTMS，则可得到高分辨、高准确度的测定结果。

③负离子质谱ESI—MS已成功地用于寡核苷酸的分析，小分子寡核苷酸的负离子质谱的特点是形成(M—nH)一离子，电荷数近乎内部和末端磷酸酯的电离最大可能数。计算分子量的方法与正离子质谱相似，只需将分子的质量减去丢失的质量即可。随着分子量的增加，即磷酸酯数目的增加，Na取代H的可能性增加，如生成[M一11H+Na]10-，如分辨率足够，则分子量的测定相似于蛋白质的正离子谱所得的准确度。对于较大的核苷酸，质谱峰变宽，导致分辨率下降，这是由于碱金属取代峰的存在之故。如分辨率不足于区分这些有Na取代的峰时，测得的分子量偏高。