一、按支持介质划分

以基因芯片的片基(substrate)或支持物的不同可以分为无机片基和有机合成物片基，前者主要有半导体硅片和玻璃片等，其上的探针主要以原位聚合的方法合成；后者主要有特定孔径的硝酸纤维膜和尼龙膜，其上的探针主要是预先合成后通过特殊的微量点样装置或仪器滴加到片基上。另外．还有以聚丙烯膜为支持物用传统的亚磷酰胺固相法原位合成高密度探针序列。

二、按芯片的制备方法划分

按芯片的制备方法划分为原位合成与预先合成然后点样两种。芯片制备的原理是利用照相平版印刷技术将探针排列的序列即阵列图“印”到支持物上，在这些阵列点上结合上专一的化学基团。原位合成主要是指光引导合成技术，该技术是照相平版印刷技术与固相合成技术、计算机技术以及分子生物学等多学科相互渗透的结果。预先合成然后点样法在多聚物的设计方面与前者相似，可以用传统的DNA合成仪进行合成，合成后再用特殊的点样装置将
其以较高密度分布于硝酸纤维膜或经过处理的玻片上。

三、按芯片的性能划分

根据芯片的功能可分为基因表达芯片和DNA测序芯片两类。基因表达芯片可以将克隆到的成千上万个基因特异的探针或其cDNA片段固定在一块DNA芯片上，对来源于不同的个体(正常人与患者)、组织、细胞周期、发育阶段、分化阶段、病变、刺激(包括不同诱导、不同治疗手段)下的细胞内mRNA或反转录后产生的cDNA进行检测，从而对这些基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性、刺激特异性进行综合的分析和判断，迅速将某个或几个基因与疾病联系起来，极大地加快这些基因功能的确定，同时可进一步研究基因与基因问相互作用的关系。DNA测序芯片则是基于杂交测序发展起来的。其原理是任何线状的单链DNA或RNA序列均可分解成一系列碱基数固定、错落而重叠的寡核苷酸，又称亚序列(subsequence)，假如人们能把原序列所有这些错落重叠的亚序列全部检测出来，就可据此重新组建出原序列。

另外也可根据所用探针的类型不同分为cDNA微阵列(或cDNA微阵列芯片)和寡核苷酸阵列(或芯片)，根据应用领域不同而制备的专用芯片如毒理学芯片(toxchip)、病毒检测芯片(如肝炎病毒检测芯片)、P53基因检测芯片等。