在用传统的分析方法进行矿物质分析的，必须先进行样品制备，样品经预处理能去除某些干扰因素，但也会增加外来的污染物质或损失一些挥发性元素。分析前样品的正确处理对食品中矿物质含量的分析结果非常重要。

(1)样品制备：使用近红外和中子活化等手段进行矿物质分析可不破坏碳水化合物、脂肪、蛋白质和维生素的碳链结构。而传统的分析方法通常要求把矿物质以某种形式从有机介质中分离出来。用灰化方法处理食品样品以测定食品中几种特殊的矿物质。水样不需预处理就可进行矿物质的测定。

矿物质分析的关键是矿物元素的污染问题。溶剂（如水）一般都含有大量矿物质，因此，在矿物质分析的所有步骤中都要求使用最纯的试剂。但是，有时没有高纯度的试剂可供使用。在这种情况下，只有进行空白对照试验。空白对照试验所用的试利量和分析样品时加入的量相同，但不加待测样品，最后定量时从测得样品的总含量中扣除因试剂产生的空白值。

(2）干扰因素：pH值、样品的质构、温度以及其他分析条件和试剂等因素都会对矿物质含量的精确测定产生影响。如果可预测分析中的干扰因素，就可采用标准样品制作一条标准曲线。标准样品应由已知的、与存在于待测样品中含量相近的元素组成，如测定样品中Ca的含量时，就用统一用含有Na、K、Mg和P的水溶液配制钙的标准溶液，制作标准曲线。如果采用已知主要矿物质含量的溶液制作标准溶液（即作为标准溶液的介质溶液），那么此标准溶液就近似待测样品溶液，如果待测样品中主要矿物质之间存在干扰，则标准溶液中也存在着同样的干扰。因此，如果标准溶液采用待测样品的介质，那么标准溶液和待测样品中的干扰是相似的，为了对某一矿物质能进行精确分析，必须对特殊的干扰物质加以控制。